Shirasagi Yumiko kommt als Transferstudentin an die Jusho High School und wirkt zunächst gewöhnlich, bis ihre Neugier auf das ungewöhnliche Verhalten ihrer Mitschülerin Akemi Nakajima sie in übernatürliche Ereignisse verwickelt. Die traumatische Erfahrung, wie der Dämon Loki die Lehrerin Miss Ohara im Computerraum angreift, erschüttert sie. Trotz Nakajimas Warnung, dass Loki es auf sie abgesehen hat, kehrt sie zur Schule zurück und wird gefangen genommen, wobei sie eine körperliche Verletzung durch Loki erleidet. Ihre latenten göttlichen Kräfte manifestieren sich unter der Führung der Göttin Izanami während des Fluchtversuchs. Loki fügt ihr tödliche Wunden zu, doch sie weist Nakajima an, ihren Körper zu Izanamis Grab in Asuka zu bringen, wo sie wiederaufersteht und sich als Reinkarnation Izanamis offenbart – die "Megami Tensei" (Göttin Wiedergeboren), von der die Serie ihren Namen ableitet. Nach ihrer Wiederauferstehung bleibt sie in Yomi, der Unterwelt, und trainiert mit Izanami, um ihre Kräfte zu meistern. Als sie in die Menschenwelt zurückkehrt, konfrontiert sie Ohara – die nun durch die Austragung von Lokis Kind gestärkt ist – und die Yumikos Familie aus Rache für Lokis Tod getötet hat. Während eines Kampfes in Nakajimas Wohnung tötet Yumiko Nakajimas Mutter, während diese von einem Dämon besessen ist, eine Tat, die sie verfolgt. Später verfolgt sie Ohara in den Soga-Wald und vernichtet sie. Der Dämon Seth besitzt Oharas ungeborenes Kind und heftet sich an Yumiko, um mit der Magnetit ihres Körpers die Menschen- und Dämonenwelt zu vereinen. In Seths Fleischturm gekreuzigt, erleidet sie Folter, die ihr Augenlicht zerstört. Nakajima versucht, sie während eines Plans, Seth ins All zu verbannen, zu befreien, doch sie bleibt gefangen, bis sie einen finalen Angriff koordinieren, der Seth zerstört. Dämonen klammern sich während des Zusammenbruchs an sie. Obwohl sie Nakajima bittet, sie in das Dämonenreich fallen zu lassen, um den Dimensionsriss zu schließen, rettet er sie und lässt das Tor offen. Blind und mit Narben im Gesicht leidet Yumiko gemeinsam mit Nakajima nächtlicher dämonischer Besessenheit, was ihre Beziehung belastet. Eine vermeintliche Nachricht von Izanami ruft sie nach Asuka, wo sie auf Feindseligkeit stoßen, was zu Nakajimas gewalttätigem Ausbruch und seiner Verhaftung führt. Während des Chaos seiner Hinrichtung erreicht Izanamis Stimme Yumiko und erklärt, dass Lucifer ihre Macht unterdrückt habe. Mit wiederhergestellter Kraft und körperlicher Form nähert sie sich Nakajima, doch dieser – von Wahnsinn ergriffen – greift sie an. Izanami übernimmt die Kontrolle über Yumikos Körper und tötet Nakajima. Zutiefst erschüttert nimmt sich Yumiko mit seinem Schwert das Leben. Izanami bewohnt anschließend Yumikos wiederauferstandenen Körper, um Nakajima zu begraben. In der Videospiel-Continuity weicht ihre Handlung deutlich ab. Sie begleitet Nakajima, um Lucifer zu besiegen, der Loki wiederbelebt und Izanami gefangen genommen hat. Gemeinsam durchqueren sie ein labyrinthartiges Verlies, befreien Izanami, besiegen Lucifers Generäle und triumphieren über Lucifer selbst. Diese Erzählung lässt die tragischen Elemente der Romane aus und porträtiert sie als standhafte Verbündete ohne körperlichen Verfall oder Selbstmord. Ihr Charakterdesign variiert je nach Medium: Der OVA zeigt sie mit schwarzem Blazer, weißem Hemd, rotem Band und langem Rock; der Manga zeigt ein Sailor-Stil-Uniform mit blauem Rock und Strumpfhosen; Spielgrafiken zeigen oft langes schwarzes Haar und braune Augen, obwohl einige Cover rotes Haar darstellen. Im Spiel fungiert sie als magieorientierte Deuteragonistin, die Fähigkeiten wie Heilung (Medi), Statuswiederherstellung (Patch) und Feuerangriffe (Bottorra) erlernt, basierend auf der Intelligenz und dem Level der Gruppe. Ihr Name "Shirasagi" bedeutet "weißer Reiher", und "Yumiko" übersetzt sich als "Bogenkind".