Dr. Brian Jones ist der führende Experte der Menschheit in der Energon-Forschung und widmet sich der Lösung von Energiekrisen auf der Erde und auf Cybertron. Als Absolvent des MIT im Bereich Physikingenieurwesen war er Mentor von Rad White, der ihn später mit den Transformers in Verbindung brachte. Jones ist mit Miranda Jones verheiratet und hat zwei Kinder: Kicker und Sally. Seine Persönlichkeit weist ausgeprägte Exzentrizität auf, gekennzeichnet durch unangemessenes Lachen und soziale Eigenheiten. Seine Beziehung zu Kicker offenbart ambivalente Moralvorstellungen; Jones behandelte seinen Sohn oft eher als Werkzeug denn als Familie und nutzte Kickers angeborene Fähigkeit, Energon-Vorkommen zu erkennen – eine Gabe von Primus, die dieser während einer Kindheitsreise nach Cybertron erlangte. Diese Ausbeutung führte dazu, dass Kicker über Planeten geschleppt wurde, um Energon zu finden, was dem Jungen erhebliche Traumata und anhaltenden Groll zufügte, obwohl Jones in kritischen Momenten geleglich Besorgnis zeigte. Beruflich gründete Jones versteckte Erdstädte, die Cybertron-Technologie für die Energon-Forschung nutzten. Alexis sicherte die locker sanktionierte Unterstützung der Erd-Föderation für diese Geheimprojekte, die später während der Terrorcon-Invasion aufgegeben wurden. Zu seinen Erfindungen gehört das Energon-Turm-Verteidigungssystem, das Schutzfelder erzeugt, die für Terrorcons tödlich und für Decepticons schädlich sind; die Decepticons korrumpierten diese Technologie später, um giftiges Energon-Gas zu produzieren. Jones entwarf auch das warp-fähige Raumschiff *Miranda II*, das ein zusammenklappbares Schutzfeld nach dem Prinzip der Energon-Türme besaß. Während des Terrorcon-Konflikts koordinierte Jones die Verteidigung von Cybertron aus. Er warnte Optimus Prime vor den Schwachstellen von Mars City, versorgte Kicker mit Kampfrüstung, setzte vorgefertigte Energon-Abbauanlagen wie Blizzard City gegen Terrorcon-Truppen ein und aktivierte weltweit Energon-Türme, um Decepticon-Angriffe abzuwehren, darunter Megatrons künstlichen Kometen. Seine strategische Entscheidung, die gesamten Energon-Vorräte der Erde zur Unterstützung Cybertron gegen Unicron zu transferieren, ließ die Erde schutzlos zurück und überging Alexis' Einwände. Später verlegte Jones seinen Wohnsitz mit seiner Familie nach Cybertron. Unter der Führung von Primus entdeckte er Omega Supremes versteckte Kammer, was die Unterstützung des Giganten für die Autobots ermöglichte. Als die Decepticons Cybertron einnahmen, versteckten sich Jones und seine Familie mit Rad White in Lüftungsschächten, nachdem ihr Evakuierungstransport zerstört worden war. Er schloss sich einer Mission an, um Primus im Kern Cybertron zu wecken, lenkte Decepticon-Truppen nahe einem Super-Energon-Reservoir ab, bevor Ironhide ihn rettete. In der Dreamwave-Comics-Kontinuität diente Jones als Sonderberater für Alterenergy in Westaustralien. Er wies Rad an, Kicker während eines Terrorcon-Angriffs zu retten, was dazu führte, dass die Autobots Kickers Kampfanzug lieferten. Nach Unicrons Niederlage feierte Jones auf Cybertron, sah sich jedoch mit erneuten Bedrohungen durch Megatrons Rückkehr konfrontiert. Versöhnungsbemühungen mit Kicker blieben angespannt, was sich in Kickers Verärgerung während der Kommunikation und Jones' beharrlicher Verwendung des Spitznamens „Junior“ zeigte.