Dr. Brian Jones ist der führende Energon-Experte der Menschheit und verfügt über hochrangige Abschlüsse wie einen Abschluss in physikalischer Technik vom MIT. Seine Forschung befasst sich mit den Energiekrisen, die sowohl die Erde als auch Cybertron plagen, was zu privaten Energon-Forschungsprogrammen und verborgenen Städten führte, die mit cybertronischer Technologie erbaut wurden und später durch Alexis' Intervention lose von der Erd-Föderation sanktioniert wurden. Dieses Programm blieb jahrelang verborgen, bis die Terrorcon-Invasion stattfand. Getrieben von exzentrischen Impulsen, lacht Jones oft unpassend und zeigt andere sozial unkonventionelle Eigenheiten. Er ist mit Miranda Jones verheiratet, mit der er zwei Kinder hat: Kicker und Sally Jones. Seine Beziehung zu Kicker ist stark angespannt, da Jones seinen Sohn historisch eher als wissenschaftliches Instrument denn als Familie behandelt hat. Als er Kickers von Primus verliehene Fähigkeit, Energon zu spüren, entdeckte, setzte er ihn wiederholt traumatischen Ordealen aus. Dazu gehörte, Kicker über Planeten zu schleppen, um Energon zu finden, und ihn einmal ungesichert im Weltraum zurückzulassen, nachdem eine Leine sich löste. Diese Handlungen nährten tiefen Groll in Kicker, obwohl Jones in kritischen Momenten geleglich Besorgnis für seinen Sohn zeigt. Während der Terrorcon-Invasion arbeitete Jones von Cybertron aus und koordinierte mit Optimus Prime. Er entwickelte eine spezielle Schutzrüstung für Kicker und schickte sie zur Erde. Später entwarf Jones vorgefertigte Energon-Abbauanlagen und setzte "Blizzard City" direkt auf Terrorcons während eines Zusammenstoßes im gefrorenen Norden ein. Sein bedeutendster Beitrag ist das Energon-Turm-Netzwerk: defensive Spitzen, die Energiefelder erzeugen, die für Autobots harmlos, für Terrorcons jedoch zerstörerisch und für Decepticons schwächend sind. Dieses System schützte die Energon-Abbaustädte der Erde und wurde später auf Lunar City und andere Planeten ausgeweitet. Allerdings nutzten die Decepticons diese Türme später auf Cybertron um, um giftiges Energon-Gas auszustoßen, das Autobots schadete. Jones schuf auch das warp-fähige Raumschiff Miranda II, ausgestattet mit zusammenklappbaren Verteidigungsfeldern, die von seiner Turmtechnologie abgeleitet waren. Jones zeigte moralisch ambivalente Ressourcenentscheidungen. Er zögerte zunächst, willigte aber schließlich ein, als Kicker die gesamte Energon-Versorgung der Erde für die Verteidigung Cybertron gegen Unicron anforderte, wodurch die Erde verwundbar zurückblieb. Später diente er als wissenschaftlicher Berater für die wiederaufgebaute Energon-Versorgung der Erde. Als Megatron Cybertron angriff, versteckten sich Jones und seine Familie mit Rad White in Lüftungssystemen, bevor sie versuchten, Primus im Kern des Planeten zu erreichen. Nach der Flucht aus decepticonischer Gefangenschaft während einer Expedition zu einem Super-Energon-Pool, fand er mit seiner Familie wieder zusammen, als Omnicons Primus wiederherstellten. Jones arbeitete mit Primus zusammen, um Omega Supreme in Cybertrons verborgenen Höhlen zu lokalisieren, und alarmierte anschließend Optimus Prime über den Einsatz des uralten Wächters und organisierte die Lieferung zusätzlicher Energon-Türme für den Kampf gegen Unicron. Später diskutierte er die Risiken, dass Primus Cybertrons Kern-Energon an Optimus Prime weiterleitete, wobei er erkannte, dass dies den Planeten schutzlos zurücklassen würde. Nach Unicrons Niederlage feierte Jones mit seiner Familie auf Cybertron, sah sich jedoch bald neuen Bedrohungen gegenüber, als Megatron zurückkehrte, Evakuierungstransporter zerstörte und sie erneut zum Verstecken zwang.