Mega Zarak fungiert als mächtiger Decepticon-Kommandant unter Megatron. Er entstand nicht als Decepticon, sondern wurde von Alpha Q mit dem wandernden Funken eines unbekannten Decepticon-Kriegers erschaffen. Alpha Q gestaltete ihn nach dem Vorbild eines verlorenen Bewohners von Planet Q, mit der Absicht, ihn als loyalen Beschützer einzusetzen. Trotz Megatrons Umprogrammierung und Gehirnwäsche glaubte Alpha Q, dass eine tiefere Loyalität zu ihm in Mega Zarak verblieb. Nach Megatrons Befehlen führte Mega Zarak Terrorcon-Truppen an, um im gesamten Universum Energon zu ernten. Er übermittelte Megatron direkt wichtige Informationen, wie die Entdeckung, dass Alpha Qs Energon-Sonne der Kopf von Unicron war, was die Decepticon-Strategie prägte. Bei Missionen stieß er gelegentlich auf Widerwillen von Untergebenen wie Snow Cat und Demolishor. Alpha Q versuchte, Mega Zaraks unterdrückte Erinnerungen und Loyalität wiederherzustellen, indem er Planet Q nachbildete, inklusive einer Replik seines früheren Palastes. Er konzentrierte Energon-Sonnenlicht auf den Planeten, um Mega Zarak zu leiten und seine Erinnerung zu wecken. Als er mit dem wiederhergestellten Palast konfrontiert wurde, zögerte Mega Zarak, lehnte dann aber entschieden seine Vergangenheit ab. Er befahl den Terrorcons, das Gebäude nach Energon zu durchsuchen, und zerstörte persönlich seine Türme. Während der Schlacht um den wiedergeborenen Planet Q kämpfte Mega Zarak gegen Autobot-Truppen und stellte sich Ironhide in den Palastruinen. Ironhide verurteilte ihn dafür, dass er der Decepticon-Programmierung erlegen war, und stellte ihn Inferno gegenüber, der sich dagegen gewehrt hatte. Mega Zarak wertete Infernos Opfer als bedeutungslos und betonte Megatrons Herrschaft. Er überwältigte Ironhide körperlich und erklärte Widerstand als zwecklos. Alpha Q griff direkt ein und richtete intensives Energon-Sonnenlicht als Waffe gegen Mega Zarak. Obwohl er kurzzeitig Schmerzen erlitt, widerstand Mega Zarak dem Strahl. Diese Ablenkung ermöglichte Ironhide einen Gegenangriff, der mehrere Treffer landete. Als Megatron vom Rückzug der Terrorcons erfuhr, befahl er Mega Zarak, sich zurückzuziehen. Nach der Rückkehr zu Unicrons Körper warnte Megatron ihn vor eigenmächtigen Aktionen. Geschlagen, aber unverändert, diente Mega Zarak weiterhin Megatron. Alpha Q erkannte Ironhides Tapferkeit als Erinnerung an Mega Zaraks früheres Ich an, auch wenn Mega Zarak unter Decepticon-Kontrolle blieb. Ironhide schwor, sich für ihren unvermeidlichen Rückkampf zu stärken.