Kojiro Soma lebt als Oberschüler in Tokio mit seinem jüngeren Bruder Sanshirou und ihrem Hund Patra. Seine routinemäßige Existenz ändert sich, als Akito Kobayashi an seine Schule wechselt; die beiden teilen eine Vergangenheit aus der Grundschule, in der Kojiro Akito vor Tyrannen verteidigte und ihn in okkulte Praktiken einführte, einschließlich Dämonenbeschwörung. Diese kindliche Verbindung taucht wieder auf, als Akito anhaltende emotionale Bindung zeigt und tiefere Gefühle für Kojiro andeutet.

Anfangs ist sich Kojiro seiner verborgenen übernatürlichen Abstammung nicht bewusst, doch sein Leben zerbricht, nachdem ein von Akito orchestrierter Dämonenangriff Patras Tod verursacht. Ein Priester greift ein und versiegelt den Dämon Cerberus in Patras Körper, um Kojiro zu schützen. Kurz darauf wird Sanshirou in ein dämonisches Computerprogramm gezogen, was Kojiro und Cerberus veranlasst, ihm zu folgen. In dieser digitalen Dimension stellen sie sich Gagyson, einem Dämon, der Kojiros Lebensenergie (Magnetit) absaugt.

Kojiros wahre Natur wird als Wiedergeburt von Masakado Taira, dem Schutzgott von Kanto, enthüllt. Kyouko Shibusawa führt ein Ritual durch, um seine göttliche Kraft zu entfesseln, eine Handlung, die zu ihrer Exkommunikation aus ihrem Orden führt. Als Masakado erwacht, bekämpft Kojiro Ose (in einigen Versionen Satan genannt), einen mächtigen Dämon, den Gagyson mit Sakis Yagamis Lebenskraft beschworen hat. Von Oses Regeneration überwältigt, erreicht der Konflikt seinen Höhepunkt, als Akito sich opfert, um Saki als die Göttin Konohana Sakuya wiederzuerwecken. Diese Tat ermöglicht es Kojiro, Ose zu besiegen. Konohana Sakuya besänftigt dann Masakados Geist, und Akito drückt Kojiro gegenüber Dankbarkeit aus, bevor er stirbt.

In anderen Medien erscheint Sanshirou Soma unabhängig in *Giten Megami Tensei: Tokyo Revelation* auf der Suche nach Kyoko Shibusawa, nachdem er in einem nicht näher bezeichneten Konflikt einen Arm verloren hat, obwohl Kojiro selbst nicht vorkommt.