Momiji bekleidet einen hohen Rang innerhalb des Iga-Ninja-Clans während der Sengoku-Zeit in Japan. Er operiert von einer versteckten Basis aus, die fortschrittliche, anachronistische Technologie beherbergt, einschließlich eines Computersystems, das zur Überwachung von Oda Nobunagas Eroberungen in ganz Japan eingesetzt wird. Durch dieses System erkennt er, dass Nobunaga Zugang zu historisch unmöglichen Waffen wie Stealth-Bombern und automatischen Gewehren hat. Als er erkennt, dass diese technologischen Einflüsse die Geschichte verändern, meldet Momiji die Anomalien einer höheren Instanz namens Zeitkontrollabteilung und sucht nach Anleitung, um die Störung zu beheben. Nach der beinahen Vernichtung von Shishimarus Ninja-Team durch den unsterblichen Cyborg-Enforcer Ginnai Doma erhält Momiji eine Warnmeldung, die Shishimarus Überleben und Rückkehr bestätigt. Später wird er Zeuge, wie Shishimaru eine strategische Besprechung stört, indem er in einen abgeschirmten Raum eindringt und eine andere Kunoichi mit seiner gefallenen Kameradin Oyu verwechselt. Als die Clanmitglieder Kojiro Ryuzuki und Hayabusa Shishimarus impulsives Verhalten und niedrigen Status nach dessen Abgang kritisieren, verteidigt Momiji Shishimarus Fähigkeiten und potenziellen Wert. Anschließend enthüllt Momiji, dass der Spion Saburota Informationen über Ginnai Domas Bewegungen gesammelt hat – Informationen, die Shishimaru heimlich belauscht, während er spioniert. Momiji erfüllt eine strategische Unterstützungsrolle für den Clan, koordiniert die Informationsbeschaffung und Ressourcenallokation im Konflikt gegen Nobunaga und Ginnai. Sein Zugang zu Zukunftstechnologie und sein Verständnis für zeitliche Störungen machen ihn zu einer zentralen Figur in den Bemühungen des Clans, die historischen Veränderungen, die sie bedrohen, zu verstehen und zu bekämpfen.