Shinobu Misato ist eine 25-jährige CRI-Sekretärin und Assistentin von Gento Kuraku, die innerhalb der Organisation wichtige nachrichtendienstliche Unterstützung leistet. Zu ihren Aufgaben gehört es, der Feldagentin Najica Hiiragi missionskritische Informationen zu liefern, Recherchen durchzuführen und die Kommunikation während der Operationen aufrechtzuerhalten. Sie arbeitet häufig im Hintergrund zusammen mit ihrer Kollegin Rena Uzuki und fungiert manchmal als Gentos Verbindungsperson für Missionsbesprechungen.

Obwohl sie sich hauptsächlich auf Logistik und Unterstützung konzentriert, verfügt Shinobu über bewährte Kampffähigkeiten, die in kritischen Momenten zum Einsatz kommen. Während des finalen Zusammenstoßes in Dr. Rens Basis steuert sie geschickt einen CRI-Hubschrauber, wodurch Rena die verteidigenden Humaritts mit einem Scharfschützengewehr ausschalten kann. Nachdem ihr Hubschrauber abgeschossen wird, entkommt sie sicher, indem sie sich während des Fallschirmabstiegs an Rena klammert. Später kehrt Shinobu ins Kampfgeschehen zurück und bekämpft Humaritts direkt mit einer Maschinenpistole, wobei sie ihre treffsicheren Schießkünste unter Beweis stellt. Dies bestätigt, dass ihre Ausbildung über administrative Aufgaben hinausgeht und den Umgang mit Schusswaffen sowie das Piloten von Kampfhubschraubern umfasst.

Im Vergleich zu Rena zeigt Shinobu eine extrovertiertere Persönlichkeit. Sie hat hellbraune Haare und blaue Augen.