Koutarou Amon wurde unter unbekannten Umständen als Waise aufgezogen und in einem katholischen Waisenhaus von Priester Donato Porpora großgezogen. Dieser Frieden zerbrach, als er entdeckte, dass Donato ein Ghoul war, der die Kinder schlachtete. Donato verschonte Amons Leben, ein Ereignis, das seine Zukunft prägte. Im Alter von zwölf Jahren wurde Amon während Donatos Festnahme von der CCG gerettet und trat ihrer Ghoul-Investigatoren-Ausbildungsakademie bei. Er schloss als Jahrgangsbester ab und wurde mit dem Senior-Investigator Kureo Mado zusammengespannt. Bei ihrem ersten Fall rund um den Ghoul "Apfelkopf" hätte Amons Zögern, eine ältere Frau zu verdächtigen, ihn fast das Leben gekostet; Mado griff ein und lehrte ihn, den Instinkten eines Partners zu vertrauen. Diese Partnerschaft festigte Amons Hingabe, Ghouls auszurotten, angetrieben vom Wunsch, Kinder vor seinem Schicksal zu bewahren.
Amon besaß ein starkes Gerechtigkeitsempfinden und betrachtete die Ausrottung von Ghouls als notwendig, um eine "falsche" Welt zu korrigieren. Seine Motivation entsprang seinem Waisen-Trauma und dem Zusammenbruch des Bildes seines Ziehvaters. Er trainierte rigoros, entwickelte einen athletischen, muskulösen Körper und trug typischerweise einen schwarzen Anzug mit weißem Mantel und einem silbernen Kreuzanhänger. Er führte Quinques wie Doujima 1/2 (ein Koukaku-Keule/Lanze) und Kura (ein Koukaku-Stab), letzteren geerbt aus Mados Testament. Wichtige frühe Ermittlungen umfassten die Jagd auf Ryouko und Hinami Fueguchi, wobei er ein Grab schändete, um Beweise zu sichern, was er als moralisch für die Gerechtigkeit rechtfertigte. Seine erste Konfrontation mit dem Halb-Ghoul Ken Kaneki endete damit, dass Kaneki sein Leben verschonte, nachdem er Doujima 1/2 zerstört hatte. Diese Gnade weckte Amons Neugier auf Kaneki und begann, seine schwarz-weiße Weltsicht infrage zu stellen. Mados Tod durch Touka Kirishima verstärkte seine Schuld und Besessenheit, "Rabbit" (Touka) zu fangen und Kaneki ("Eyepatch") zu verstehen.
Befördert zum First Class, wurde Amon mit Mados Tochter Akira Mado zusammengespannt. Ihre Beziehung war anfangs angespannt durch ihren Groll über den Tod ihres Vaters, vertiefte sich aber allmählich durch gemeinsame Trauer und Pflicht. Er mentorierte auch den bewundernden Seidou Takizawa. Während des Überfalls auf Kanous Labor sah Amon Kanekis Kakuja-Amoklauf und traf auf die Yasuhisa-Zwillinge – ehemalige CCG-Auszubildende, die zu Ghouls geworden waren –, was seine Wahrnehmung weiter verkomplizierte. Die Ermittlungen zu Donato ergaben kryptischen Rat, "Alice" statt dem "Weißen Kaninchen" zu suchen. Am Vorabend der Owl-Unterdrückungsoperation wies er Akira