Die Honoka-Serie besteht aus zweiundzwanzig identischen Klonschwestern, die durch beschleunigtes Wachstum und komprimiertes mentales Training entwickelt wurden. Trotz ihres chronologischen Alters ähneln sie körperlich fünfjährigen Mädchen. Alle teilen dieselben Merkmale: hellrosa Hime-Cut-Haare, braune Augen, schlanke Statur, überdurchschnittliche Größe und standardmäßige weibliche Trainee-Uniformen. Ihr genetischer Ursprung bleibt unbekannt. In zwei Chargen zu je elf Schwestern erschaffen, dienen sie als Garde-Piloten an Bord der Sidonia. En (Pilotin von TS203/703) verabscheut Nagate Tanikaze zunächst, überzeugt davon, dass er die Schwestern während eines Umkleidevorfalls ausspioniert hat. Ihre Feindseligkeit bleibt selbst nach ihrer Erholung von schweren Kampfverletzungen bestehen und flammt wieder auf, als Nagate sie und Ren während der Photosynthese unterbricht. Ren (Pilotin von TS206/706) wird Zeugin des Todes ihrer Schwester Hou gegen Benisuzume und stirbt beinahe selbst, bevor Nagate sie rettet. Ren beginnt, Nagate zu vertrauen, und versucht, Ens Feindseligkeit zu überwinden. Hou (Pilotin von TS205/705) wird das erste Honoka-Opfer, als Benisuzume ihr Cockpit mit einem Schlag vernichtet. Shou (Pilotin von TS029), die 22. Schwester und die fähigste der zweiten Charge, erleidet während einer Expedition im Lem-Sternensystem eine Tragödie. Von einer Gauna absorbiert und repliziert, verwandelt sie sich in einen Hybriden, erleidet eine existenzielle Krise, behält aber ihre Persönlichkeit, bis die Besatzung der Mizuki sie euthanasiert, um ihr Leiden zu beenden. Andere identifizierte Schwestern sind Ro (Einheit 707), Hou (Einheit 708), Baku, Kou, Tou, Ou, Ryou, Sen, Kun, Rin, Sui, Kei, Nen, Sou, Shoku, Shi, Raku und Kan. En und Ren entwickeln beide romantische Gefühle für Nagate, was ihre Rollen als Pilotinnen verkompliziert.