Shirou Emiya erscheint in verschiedenen Formen in den Parallelwelten von *Fate/kaleid liner*.

In Illyas Welt ist Shirou der Adoptivbruder von Illyasviel von Einzbern. Als Waise wurde er etwa zehn Jahre vor den Hauptereignissen von Kiritsugu Emiya adoptiert, wobei das katastrophale Feuer aus seinen *Fate/stay night*-Ursprüngen nicht stattfand. Er trägt den Nachnamen „Emiya“ aufgrund von Unregelmäßigkeiten in der Familienregistrierung von Kiritsugu und Irisviel. Äußerlich hat er kastanienbraunes Haar, goldene Augen und ein ruhigeres, weicheres Aussehen, das sein friedliches Leben widerspiegelt. Seine Persönlichkeit ist auffallend sorglos und freundlich, er ist ein guter Koch, bleibt jedoch ahnungslos gegenüber den romantischen Gefühlen von Illya, Rin Tohsaka oder Sakura Matou. Oft wird er auf humorvolle Weise von anderen misshandelt, sei es vom magischen Gerät Ruby oder von Familienmitgliedern wie Irisviel, und zeigt sein Unbehagen in dem von Frauen dominierten Haushalt. Er lebt als normaler Oberschüler, ohne von Magie zu wissen. Seine Rolle beschränkt sich auf häusliche Interaktionen mit Illya und gelegentliches, unbeabsichtigtes Verwickeln in magische Vorfälle, wie etwa ohnmächtig zu werden, wenn er ihre Magical-Girl-Verwandlung unterbricht.

In Miyus Welt verläuft Shirous Geschichte anders. Er verlor seine leiblichen Eltern bei einem Stadtbrand, der durch die Folgen des Vierten Heiligen Gral-Krieges verursacht wurde. Kiritsugu Emiya rettete und adoptierte ihn und wurde sein Mentor in Magie. Sie reisten nach Fuyuki City, um die Sakatsuki-Familie zu untersuchen, wo Shirou Miyu – ein perfektes Heiliges Gral-Gefäß – während einer Schattenkatastrophe aus einem einstürzenden Gebäude rettete. Kiritsugu wollte Miyu ursprünglich nutzen, um die Welt zu retten, doch Shirou entwickelte Schutzinstinkte. Nach Kiritsugus Tod zog Shirou Miyu isoliert im Emiya-Anwesen auf, errichtete ein Bounded Field zum Schutz und unterrichtete sie zu Hause. Er wurde Teilnehmer des Fünften Ainsworth Heiligen Gral-Krieges als Nutzer der zweiten Archer-Class Card.

Äußerlich ähnelt dieser Shirou zunächst seinem Gegenstück, entwickelt jedoch aufgrund der Korruption durch die Archer-Card eine weiße Haarsträhne und fleckige, gebräunte Haut. Während des Krieges trägt er einen Mantel ähnlich seiner *Unlimited Blade Works*-Darstellung; bei der Installation der Archer-Card trägt er eine modifizierte Version von EMIYAs Kleidung mit einem roten Stirnband und einem ärmellosen rechten Arm. Später trägt er einen Kimono ähnlich dem von Kiritsugu. Seine Persönlichkeit konzentriert sich auf unerschütterliche Hingabe zu Miyus Sicherheit, wobei er die Ainsworth-Philosophie ablehnt, dass ihr Opfer die Welt retten könnte. Er bezeichnet sich selbst als „den Schlimmsten der Schlimmsten“, als er sie nicht schützen kann, und beschließt, „das Böse in Person“ für sie zu werden. Er teilt eine enge, ambivalente Bindung mit Sakura Matou, deren Tod seinen Entschluss stärkt, die Class Cards zu sammeln. Anfangs sarkastisch und entspannt, wird sein Verhalten durch Trauma und Verlust dunkler und ähnlicher dem von EMIYA.

Seine Handlung dreht sich um Kämpfe gegen Card-Nutzer wie Shinji Matou (Assassine) und Angelica Ainsworth (Archer), um sieben Class Cards zu sammeln. Nachdem er sie sicherte, nutzt er den Heiligen Gral, um Miyu in eine Parallelwelt zu schicken, wo sie glücklich sein kann, wohl wissend, dass dies seine eigene Welt vernichten könnte. Während dieses Opfers stellt er sich waffenlos Angelica Ainsworth und erträgt ihre Angriffe. Sein Körper verfällt weiter unter EMIYAs Einfluss, bis die Korruption später rückgängig gemacht wird.