Misato Honjo ist eine 25-jährige Militäroperatorin, die auf der Tateyama Air Base stationiert ist. Mit einer Größe von 168 Zentimetern ist sie das größte Mitglied des Operator-Trios der Basis. Ihr braunes Haar reicht bis zum Schlüsselbein und ist meistens als Seilzopf frisiert, und sie hat grüne Augen. Ihre standardmäßige Dienstkleidung ist eine marineblaue Uniform. Einst strebte sie danach, eine Valkyrie zu werden, und absolvierte den Ersten Valkyrie-Auswahltest zusammen mit ihren Kolleginnen Yayoi Amatsuka und Akira Jinguuji. Ihr Weg änderte sich unwiderruflich während der Ersten Hamamatsu-Verteidigungsschlacht, als sie eine kritische Verletzung erlitt, während sie ihre Freundin Sonoka Watarai vor einem feindlichen Angriff schützte. Diese Verletzung disqualifizierte sie dauerhaft für den Valkyrie-Dienst, wodurch sie in eine Operator-Rolle auf der Tateyama Base wechselte. Als Operatorin koordiniert Honjo Missionen und bietet taktische Unterstützung für Valkyrie-Einheiten. Sie erledigt ihre Pflichten mit Gewissenhaftigkeit und Zuverlässigkeit, was ihr das Vertrauen ihres Vorgesetzten, Kommandant Ichiro Satomi, einbrachte, der sie zuvor direkt betreute. Ihre Persönlichkeit ist ernst, verantwortungsbewusst und organisiert, was manchmal zu Reibungen mit weniger disziplinierten Personen wie Yayoi Amatsuka aufgrund ihrer unterschiedlichen Einstellungen führt. Obwohl sie äußerlich ruhig wirkt, besitzt sie eine starke innere Entschlossenheit und Pflichtbewusstsein. Ein bemerkenswertes körperliches Merkmal ist ihre Unfähigkeit, bestimmte hohe Töne wahrzunehmen. Ihre wichtigsten Beziehungen ergeben sich aus ihrem Dienst: eine tiefe Bindung zu Sonoka Watarai, die durch ihre schützende Handlung in Hamamatsu entstand, und eine komplexe Dynamik mit Yayoi Amatsuka, die in ihren kontrastierenden Herangehensweisen an Verantwortlichkeiten verwurzelt ist.