Makoto Shishio diente als Schattenattentäter (Hitokiri) für die Ishin Shishi während der Bakumatsu-Ära und folgte Himura Kenshin nach dessen Abgang. Die Meiji-Regierung betrachtete Shishio später aufgrund seines Wissens über Staatsgeheimnisse als Bedrohung und versuchte, ihn zu beseitigen. Während des Boshin-Krieges wurde er in den Kopf geschossen, mit Öl übergossen und angezündet. Shishio überlebte die schweren Verbrennungen am ganzen Körper, aber die Verletzungen zwangen ihn, ständig Bandagen zu tragen, um die Schmerzen zu lindern und seine entstellte Haut zu verbergen. Dieses Ereignis schürte seine Rache gegen die Regierung.
Nach seiner Genesung versammelte Shishio die Juppongatana (Zehn Schwerter), Elitekämpfer, die seine Enttäuschung über die Meiji-Ära teilten. Sein Ziel war es, die Regierung zu stürzen und ein neues Japan zu errichten, das vom Sozialdarwinismus regiert wird, wo die Starken die Schwachen beherrschen. Seine Wirtschaftsstrategie beinhaltete die Ausbeutung von Erdölressourcen, um die Nation nach der Übernahme zu stärken. Shishio operierte von einem Versteck auf dem Berg Hiei aus und nutzte historische Schutztraditionen, um den Behörden zu entgehen.
Ursprünglich hatte Shishio schwarzes Haar in einem hohen Pferdeschwanz, schwarze Augenbrauen, helle Haut und rote Augen. Nach den Verbrennungen erschien seine Haut braun, rissig und manchmal rötlich, mit Haarsträhnen, die aus seinen Bandagen ragten. Typischerweise trug er ein violettes oder indigofarbenes Gewand mit entblößter rechter Brust und Arm, wobei seine Bandagen auf dem Gesicht in einem Kreuzmuster angeordnet waren und eine markante Kopfbedeckung bildeten.
Shishio hielt rücksichtslos an sozialdarwinistischen Prinzipien fest und betrachtete Mitgefühl als Schwäche. Er besaß außergewöhnliche strategische Intelligenz und manipulierte sowohl Verbündete als auch Feinde, wie etwa die Ausnutzung von Uonuma Usuis Blindheit und Shinomori Aoshis Besessenheit, Kenshin zu besiegen. Trotz seiner Grausamkeit pflegte er echte Bindungen: Er liebte Komagata Yumi, eine ehemalige Kurtisane, die seinen Hass auf die Meiji-Regierung teilte, und zeigte Loyalität gegenüber seinem rechten Hand, Sadojima Hōji. Er mentorierte auch Seta Sōjirō, rettete ihn aus einer missbräuchlichen Familie und trainierte ihn zu seinem stärksten Untergebenen, obwohl ihre Beziehung rein transaktional blieb; Shishio sah Sōjirō primär als Werkzeug.
Als Meisterschwertkämpfer führte Shishio Mugenjin, eine gezackte Klinge, geschmiedet von Arai Shakkū. Das Schwert schärfte sich selbst durch Gebrauch und behielt menschliches Fett von Opfern, was feuerbasierte Techniken ermöglichte, bekannt als die "Drei Geheimschwerter":
- **Homura Dama**: Entzündung von Fetten durch Reibung zwischen Klinge und Scheide, um ablenkende Flammen bei Hieben zu erzeugen.
- **Guren Kaina**: Nutzung von mit Schießpulver gefüllten Handschuhen für explosive Schläge.
- **Kaguzuchi**: Erzeugung eines Feuerwirbels, um Gegner zu umhüllen, obwohl die volle Ausführung in Kämpfen vereitelt wurde.
Seine Kampffähigkeiten ermöglichten es ihm, Techniken wie Kenshins Ryū Shō Sen und Saitō Hajimes Gatotsu zu kontern. Er besaß immense physische Stärke und besiegte Sagara Sanosuke mit einem einzigen Schlag.
Shishios kritische Schwäche resultierte aus seinen verbrannten Schweißdrüsen, die bei längerer Anstrengung zu schwerer Hyperthermie führten. Seine Körpertemperatur stieg nach 15 Minuten Kampf gefährlich an, was zu Delirium, Schmerzen und schließlich Handlungsunfähigkeit nach mehr als 20 Minuten führte. Diese Einschränkung erwies sich in seinem finalen Kampf gegen Kenshin als fatal, wo Überhitzung seine Bewegungen behinderte.
Im Prequel *Master of Flame* spiegelten Shishios Handlungen Unsicherheit über wahrgenommene Schwäche wider. Er mied Bordelle, um Annahmen zu vermeiden, dass Frauen ihn aufgrund seiner Verletzungen ablehnten. Seine Beziehung zu Yumi begann, als sie eine transaktionale Vereinbarung vorschlug – "seine Stärke für eine Nacht leihen" –, die er annahm, um ein Bild der Gleichheit zu wahren. Er reagierte gewaltsam auf jede Andeutung, dass seine Narben Scheitern symbolisierten, da sie Verwundbarkeit durch unkontrollierbares Unglück darstellten, unvereinbar mit seinem Selbstbild als der Stärkste. Nach seinem Tod plante er mit Hōji und Yumi, die Hölle zu erobern und seine Suche nach absoluter Macht fortzusetzen.