Shinomori Aoshi führt die Oniwabanshū an, eine Ninja-Gruppe, die früher dem Tokugawa-Shogunat in der Edo-Zeit diente. Mit fünfzehn wurde er auf Empfehlung seines Mentors Kashiwazaki Nenji (Okina) zum Okashira ernannt. Nach der Meiji-Restauration lehnte er Regierungsposten ab, um bei seinen kämpfenden Untergebenen zu bleiben, und führte sie dazu, dem Industriellen Takeda Kanryū zu dienen. Dies führte zu den opfervollen Toden seiner vier engsten Gefährten – Beshimi, Hyottoko, Hannya und Shikijō –, die ihn vor Kanryūs Verrat schützten. Ihr Verlust trieb ihn in einen besessenen Kampf gegen Himura Kenshin, da er glaubte, ein Sieg würde ihm den Titel des „Stärksten“ verleihen und seine gefallenen Männer ehren. Anfangs emotional distanziert und analytisch, verbarg seine Haltung tiefe Loyalität und Mitgefühl für seine Kameraden. Er half, Makimachi Misao von Kindheit an aufzuziehen, und zeigte dabei einen beschützenden, wenn auch zurückhaltenden Erziehungsstil. Während Misao romantische Gefühle für ihn entwickelte, blieben seine eigenen Empfindungen unklar, obwohl er stets ihre Sicherheit priorisierte. Nach seiner Niederlage gegen Kenshin in Tokio isolierte er sich für intensives Training und übernahm einen Doppel-Kodachi-Kampfstil, den einst der ehemalige Oniwabanshū-Kommandant verwendet hatte. Später verbündete er sich in Kyōto mit dem Antagonisten Shishio Makoto, um eine weitere Chance gegen Kenshin zu erhalten. Während dieses Bündnisses verletzte er Okina schwer und brach fast die Verbindung zu den verbliebenen Oniwabanshū; Misao bezeugte dies und verleugnete ihn vorübergehend. Sein Rückkampf gegen Kenshin endete in einer entscheidenden Niederlage, und Kenshins Rat ließ ihn erkennen, wie sein Rachefeldzug die Opfer seiner Kameraden entehrte, wodurch sein Abstieg gestoppt wurde. Im Jinchū-Arc kehrte er mit Misao nach Tokio zurück, um Yukishiro Tomoes Tagebuch zu überbringen und Kenshin gegen deren Bruder Enishi zu unterstützen. Er erkannte, dass Enishi Kaorus Tod mit einer von dem Puppenspieler Gein angefertigten Puppe vorgetäuscht hatte, den er besiegte. Er beteiligte sich am Angriff auf Enishis Festung und neutralisierte einen Elitegardisten. Nach Enishis Niederlage erfüllte er ein Versprechen, mit Kenshin Tee zu trinken, was Versöhnung und sein Bekenntnis zum Frieden symbolisierte. Er übernahm erneut die Führung der Oniwabanshū, leitete das Aoiya-Ryokan in Kyōto und pflegte mit Misao die Gräber seiner Gefährten. Sein Kampfstil betont Präzision, Geschwindigkeit und analytische Schärfe, wobei er Kenpō mit Kodachi-Techniken kombiniert. Signaturen sind Goko Joji, Ryūsui no Ugoki und Kaiten Kenbu Rokuren. Seine Sinne ermöglichen ihm minimale räumliche Berechnungen und die Wahrnehmung entfernter Geräusche. In Live-Action-Adaptionen starben seine Gefährten durch Regierungswachen statt durch Kanryū, was seine Isolation vor dem Beitritt zu Shishio verstärkte. Nach seiner Läuterung meidet er Alkohol aufgrund geringer Toleranz, bevorzugt Tee und widmet sich Meditation und Sühne für seine rachsüchtigen Taten.