Yahiko Myōjin stammt aus einer Samuraifamilie. Sein Vater starb im Kampf für die pro-bakufu Shōgitai während der Schlacht von Ueno, was seine Eltern in finanzielle Not stürzte. Nachdem seine Mutter an einer Krankheit verstarb, die sie sich in einem Bordell arbeitend zugezogen hatte, wurde er zum Waisen. Die Tanishi-Yakuza manipulierten ihn, um Taschendiebstähle zu begehen, damit er erfundene Schulden aus den medizinischen Kosten seiner Mutter begleichen konnte. Diese Zeit nährte seinen Groll gegenüber Wohltätigkeit und schärfte seine außergewöhnlichen Fingerfertigkeiten, obwohl er diese kriminelle Vergangenheit verabscheute. Sein Leben änderte sich, als Himura Kenshin einen Diebstahlversuch vereitelte, Yahikos Stolz und Potenzial erkannte und ihn aus den Fängen der Yakuza befreite. Kenshin arrangierte, dass Yahiko im Kamiya-Kasshin-ryū-Dōjō unter Kamiya Kaoru trainieren konnte. Anfangs war Yahiko ungestüm und ignorierte Kaorus Anweisungen, da er priorisierte, Kenshins Hiten-Mitsurugi-ryū-Stil zu erlernen. Allerdings akzeptierte er nach und nach das Kamiya-Kasshin-ryū-Prinzip, Leben zu schützen ohne zu töten. Seine Hingabe zum Kenjutsu intensivierte sich, angetrieben von dem Wunsch, samuraiwürdige Ehre zu verkörpern und andere eigenständig zu verteidigen. Während des Kyoto-Konflikts mit Shishio Makoto begleitete Yahiko Kaoru, um Kenshin zu unterstützen. Er half, die Aoi-ya-Basis der Oniwabanshū gegen Shishios Truppen zu verteidigen, und besiegte das Jūppongatana-Mitglied Henya, indem er Kenshins Ryūtsuisen-Technik mit einem Shinai adaptierte – ein Beweis für sein schnelles Wachstum und taktisches Geschick. Nach Kyoto stellte sich Yahiko den Herausforderungen während Yukishiro Enishis Rachefeldzug. Er meisterte fortgeschrittene Kamiya-Kasshin-ryū-Techniken – Hadome (Klingenfangen) und Hawatari (Konterangriff) – um Enishis Verbündeten Otowa Hyōko zu besiegen. Trotz Rückschlägen, einschließlich Verletzungen durch die Konfrontation mit Kujiranami Hyōgo, festigte sich sein Entschluss. Fünf Jahre später diente er als stellvertretender Lehrer im Kamiya-Dōjō. Kenshin erkannte seine Reife offiziell an, indem er ihm das Sakabatō überreichte, nachdem Yahiko ihn in einem Sparring getroffen hatte – ein Symbol für seinen Übergang zu einem Meisterschwertkämpfer. Als Erwachsener erlangte er Ruhm als „Der Fänger von tausend Klingen“, trug einen dunkelblauen Haori mit dem Kanji für „Böse“ (aku) als Hommage an Sagara Sanosuke und führte sowohl einen Shinai als auch das Sakabatō mit sich. Yahikos Beziehungen entwickelten sich bedeutend. Seine anfängliche Rivalität mit dem jungen Schwertkämpfer Tsukayama Yutarō reifte zu gegenseitigem Respekt, nachdem Yahiko Yutarōs Genesung von einer karrierebedrohenden Verletzung förderte. Sanjō Tsubame, die er bei der Arbeit im Akabeko-Restaurant kennenlernte, wurde ihm ans Herz gewachsen; ihre Bindung vertiefte sich zu einer Romanze, wobei Yahiko Eifersucht zeigte, als Yutarō mit ihr flirtete. Seine Dynamik mit Kaoru wandelte sich von Verachtung zu einer geschwisterlichen Kameradschaft, während Kenshin sein wichtigster Mentor und Inspiration blieb. In späteren Fortsetzungen wie OVAs und Live-Action-Adaptionen wird Yahikos Vermächtnis als Erbe von Kenshins Idealen betont. Er hielt das Gelübde gegen das Töten aufrecht, während er Kamiya Kasshin-ryū lehrte, was sein Engagement widerspiegelte, die friedliche Ära zu schützen, für die Kenshin gekämpft hatte.