Makimachi Misao, Enkelin des ehemaligen Okashira der Oniwabanshū-Ninja-Gruppe von Kyoto, wurde in jungen Jahren zur Waise. Ihr Großvater vertraute sie Shinomori Aoshi an. Während sie aufwuchs, entwickelte sie eine tiefe Bindung zu Aoshi und seinen vier Oniwabanshū-Mitgliedern – Han'nya, Hyottoko, Beshimi und Shikijō – insbesondere sah sie Han'nya als eine Vaterfigur, der sie in Kampfkunst unterrichtete. Mit acht Jahren verließen Aoshi und seine Männer sie plötzlich und hinterließen sie bei Okina (Kashiwazaki Nenji) im Aoiya-Gasthof in Kyoto, ein Ereignis, das sie traumatisierte. Sie blieb in Aoiya, half im Gasthof und verfeinerte ihre Oniwabanshū-Techniken unter Okina, während sie starke romantische Gefühle für Aoshi hegte.
Energisch, impulsiv und offen emotional, zeigt Misao eine kurze Aufmerksamkeitsspanne und lässt sich leicht bei Aufgaben oder Gesprächen ablenken. Trotz ihres Ninja-Hintergrunds nutzt sie selten Heimlichkeit, bevorzugt direkte Konfrontation und spricht ihre Meinung ohne Zögern aus. Ihr Temperament flammt schnell auf, verflüchtigt sich aber ebenso schnell, gepaart mit tiefer Loyalität gegenüber ihren Nächsten. Von kleiner Statur hat sie schwarzes Haar in einem kinnlangen Schnitt mit einem langen geflochtenen Pferdeschwanz, grünlich-blaue Augen und trägt typischerweise ein blaues Oniwabanshū-Shinobi-Shozoku mit einem pinken Obi. Live-Action-Adaptionen zeigen sie manchmal in einer hell-lavendelfarbenen Uniform mit gelbem Obi.
Ihre Fähigkeiten stammen aus dem Oniwabanshū-ryū-Kampftraining, spezialisiert auf Kunai-Wurf und waffenloses Kempo. Bemerkenswerte Techniken sind *Kansatsu Tobikunai* (Durchdringende fliegende Dolche), bei der sie mehrere Kunai gleichzeitig mit tödlicher Präzision wirft, und *Kecho-Feri* (Monstervogelkick), ihr berühmter Fliegender Tritt. Live-Action-Versionen zeigen *Kaiten Kenbu Rokuren*, eine rotierende Schlagsattacke gefolgt von einer Scherenattacke. Sie besitzt zudem ein geschärftes Gehör.
Während des Kyoto-Arcs suchte Misao nach Aoshi und traf auf Himura Kenshin. Als sie erfuhr, dass er Aoshis Aufenthaltsort kannte, reiste sie mit ihm nach Kyoto. Als sie entdeckte, dass Aoshi sich mit Shishio Makoto verbündet und Okina schwer verletzt hatte, brach sie die Verbindung ab und erklärte sich zur neuen Okashira. Sie kämpfte an der Seite von Kenshins Verbündeten gegen Shishios Truppen und duellierte sich mit Honjō Kamatari. Während dieses Kampfes erschien ihr eine Vision von Han'nya, die sie beruhigte, dass Kenshin Aoshi sicher zurückbringen würde. Nach Aoshis Läuterung konzentrierte sie sich darauf, seine emotionale Genesung zu unterstützen, und versuchte beharrlich, ihn zum Lächeln zu bringen.
Im Jinchū-Arc holte Misao auf Kaorus Bitte Yukishiro Tomoes Tagebuch und brachte es mit Aoshi nach Tokio. Nach Kaorus scheinbarem Tod suchte sie mit Myōjin Yahiko nach Beweisen für ihr Überleben. Aoshi schloss, dass Kaoru lebte, woraufhin Misao sich der Rettungsmission auf Enishis Insel anschloss. Dort zündete sie Unterwasserminen mit Kunai, um der Gruppe eine sichere Landung zu ermöglichen. Nach Enishis Niederlage kehrte sie mit Aoshi nach Kyoto zurück, um Han'nya und die anderen an einem sonnigen Ort neu zu bestatten. Im Epilog blieb sie mit Aoshi und den Oniwabanshū in Aoiya und nahm an einem Wiedersehenspicknick mit Kenshins Verbündeten teil.