Sophia Amae, ein uneheliches Kind aus dem Mittleren Bereich des Turms, nutzte ihre außergewöhnliche Intelligenz, um Assistenzforscherin der Werkstatt zu werden, spezialisiert auf Projekte für Lebende Zündungswaffen. Ihre Aufgaben konzentrierten sich auf die Überwachung und Erziehung der Testsubjekte Kang Horyang (Nr. 21) und Beniamino Cassano (Nr. 99) sowie des späteren Subjekts Beta. Sie lehrte ihnen die universelle Macseth-Sprache und grundlegende menschliche Interaktion bis zum Alter von zwölf Jahren, angetrieben von Experimenten, die darauf abzielten, verlassene und uneheliche Kinder zu stärken. Typischerweise gekleidet in einen braunen Rollkragenpullover, ein schwarzes Kleid und einen Wissenschaftsmantel, mit braunen Augen und braunem Haar, bewahrte Sophia stets eine fröhliche Gemütsverfassung. Sie behandelte Cassano und Horyang als Menschen, nicht als Subjekte, im Gegensatz zu anderen Forschern wie Maddox. Sie nannte Horyang „Beniamino Ilmar“ und Cassano „Beniamino Cassano“, ersetzte also ihre Nummern. Ihre Aktivitäten – reden, lachen, spielen – schufen tief bedeutsame Erfahrungen, an die Horyang sich später erinnerte. Jahre später, an Bord des Archimedes-Luftschiffs innerhalb der Eichel-Werkstatt während des Werkstatt-Schlacht-Bogens, nahm Sophia ihre Arbeit an Lebenden Zündungswaffen mit Beta und Emile wieder auf. Ihre Beteiligung an neuen Subjekten veranlasste Horyang, die Aufrichtigkeit ihrer früheren Zuneigung in Frage zu stellen. Sie alarmierte die Wachen bei Betas Flucht und griff ein, als Beta den Irregular Viole angriff, klärte nach Betas Niederlage auf, dass die Forschung über Viole unabhängig von Betas Handlungen war. Sophia versorgte Betas Verletzungen, die von Werkstatt-Wachen zugefügt worden waren. Sie flehte den Ranker Lero-Ro an, Beta mitzunehmen, und setzte sich für dessen Freiheit in der verbleibenden Zeit ein. Sie lieferte entscheidende Informationen: Horyangs Koma resultierte aus Cassanos Entfernung des Teufels in ihm, und Emiles wahre Natur als Zündungswaffe. Sophia beteuerte die Aufrichtigkeit ihrer Fürsorge für Horyang und Cassano, äußerte Besorgnis um sie, Beta und Viole und forderte Schutz vor Ausbeutern. Ihre Worte an Horyang betonten Resilienz: „Hör zu, Ilmar. Ein Mann sollte seine Tränen nicht zeigen. Du sollst stark genug sein, um andere zu beschützen. Du hast diese Kraft. Verstanden?“ Horyang beschrieb sie als seine und Cassanos erste Liebe.