Shinichi Kudo nimmt nach der Einnahme des experimentellen Gifts APTX 4869 durch die Schwarze Organisation, das seinen Körper in den eines Kindes verwandelt, das Pseudonym Conan Edogawa an. Dies geschieht, während Shinichi, ein 17-jähriger Oberschuldetektiv, verdächtige Aktivitäten in einem Themenpark untersucht. Um sich und andere zu schützen, wählt er den Namen, der von den Autoren Arthur Conan Doyle und Edogawa Rampo abgeleitet ist. Professor Hiroshi Agasa, sein Nachbar, arrangiert, dass Conan bei Shinichis Kindheitsfreundin Ran Mouri und ihrem Vater, dem Privatdetektiv Kogoro Mouri, lebt. Diese Unterbringung ermöglicht es Conan, Kogoros Detektei als potenzielle Quelle für Fälle zu nutzen, die mit der Schwarzen Organisation in Verbindung stehen. Conan behält Shinichis hohe Intelligenz, deduktive Fähigkeiten und sein Wissen, verhält sich aber nach außen hin wie ein Kind, um sein Geheimnis zu wahren. Er spricht Ran als „Ran-neechan“ an und bezeichnet sein ursprüngliches Ich als „Shinichi-niichan“. Trotz seiner Versuche, sich kindlich zu verhalten, offenbart er während Ermittlungen oft unbeabsichtigt fortgeschrittene Schlussfolgerungen, die er später auf Fernsehen, Kogoro, Agasa oder Shinichi zurückführt. Seine Interessen an Sherlock Holmes und Fußball bestehen fort, werden aber vorsichtig besprochen, um keinen Verdacht zu erregen. Conan unterstützt Kogoro häufig, indem er ihn mit einer Armbanduhr mit Betäubungspistole betäubt und eine bogenförmige Sprachveränderer-Krawatte verwendet, um Kogoros Stimme nachzuahmen und so die Persona des „Schlafenden Kogoro“ zu erschaffen. Dies steigert Kogoros Ruf und ermöglicht Conan gleichzeitig, die Schwarze Organisation im Verborgenen zu verfolgen. An der Teitan Grundschule eingeschrieben, freundet sich Conan mit den Mitschülern Ayumi Yoshida, Mitsuhiko Tsuburaya und Genta Kojima an und bildet die Detektivjungen. Zunächst von ihrer Kindlichkeit genervt, gewinnt er sie lieb und bezieht sie in kleinere Ermittlungen ein. Er tut sich schwer mit beliebten Kinderspielen, Videospielen und Fernsehsendungen, was andere dazu veranlasst, ihn für unerfahren zu halten. Dies motiviert ihn, heimlich Medien zu studieren, um besser einzupassen. Um die Detektivjungen herum verhält er sich natürlicher, obwohl sie seine Inkonsistenz bemerken, wenn er sich in Gegenwart von Erwachsenen kindlich verstellt. Conans sportliche Fähigkeiten, besonders im Fußball, werden durch seinen kleinen Körperbau beeinträchtigt, was ihn zur Abhängigkeit von Agasas Gadgets wie kraftverstärkenden Kick-Schuhen, einem solarbetriebenen Skateboard und einem Fußballauswerfer-Gürtel zwingt. Conans Beziehung zu Ran wird durch seine verdeckte Identität kompliziert. Sie bleibt beschützend, ohne zu wissen, dass er Shinichi ist, was zu Situationen wie ihrem Geständnis ihrer Gefühle für Shinichi gegenüber Conan oder gemeinsamen Bädern führt. Conan ist ebenso beschützend ihr gegenüber und erfindet ausgeklügelte Tricks, um Shinichis Abwesenheiten zu erklären. Seine Ermittlungen intensivieren sich, nachdem er Shiho Miyano trifft, ein ehemaliges Mitglied der Schwarzen Organisation, die APTX 4869 entwickelt hat. Nach ihrer eigenen Verwandlung in ein Kind nimmt sie den Namen Ai Haibara an und zieht in Agasas Haushalt. Haibara liefert entscheidende Informationen über die Organisation und entwickelt temporäre Gegenmittel zu APTX 4869, die es Conan ermöglichen, kurzzeitig zu Shinichi zurückzukehren. Diese Gegenmittel werden sparsam eingesetzt, oft um Rans Verdacht zu zerstreuen oder in Notfällen. Conan arbeitet mit Verbündeten einschließlich des FBI, der CIA und der japanischen Polizei zusammen, um die Schwarze Organisation zu bekämpfen. Wichtige Figuren sind FBI-Agenten Shuichi Akai und Jodie Starling, PSB-Agent Rei Furuya (untercover als Bourbon) und CIA-Agentin Hidemi Hondou (untercover als Kir). Er entwickelt auch eine Rivalität, die sich in Freundschaft wandelt, mit dem Osaka-Detektiv Heiji Hattori, der Conans wahre Identität deduziert. Conans Entschlossenheit, Kriminelle zu ergreifen, wird durch sein Engagement gemäßigt, Selbstmorde unter Tätern zu verhindern, resultierend aus einem frühen Versagen, einen solchen zu stoppen. Er glaubt, ein Detektiv, der einen Täter sterben lässt, ist nicht besser als ein Mörder. In der „Black Iron Submarine“-Handlung konfrontiert Conan die Schwarze Organisation während eines Vorfalls an der Pacific Buoy, einer Unterwassereinrichtung von Interpol. Das „All-Age Recognition“-System der Einrichtung, das globale Überwachung und Gesichtsaltersrückführung ermöglicht, identifiziert Haibara als Shiho Miyano. Die Organisation, einschließlich des neuen Mitglieds Pinga, entführt Haibara und die Ingenieurin Naomi Argento. Conan arbeitet mit Interpol und Verbündeten wie Subaru Okiya (Shuichi Akai in Verkleidung) zusammen, um die Gefangenen zu lokalisieren, und enthüllt, dass der Systemfehler von Vermouth inszeniert wurde, um Haibara zu schützen. Während des Höhepunkts verwendet Conan einen Unterwasserroller und ein Headset, um das U-Boot zu navigieren, und koordiniert mit Akai, um es zu beschädigen, was zu Pingas Tod führt. Haibara rettet Conan, nachdem er unter Wasser das Bewusstsein verliert. Nach der Rettung deduziert Naomi Haibaras Identität, hält sie aber aufgrund ihrer vergangenen Freundschaft geheim. In anderen Medien umfasst Conans Charakterentwicklung OVAs, die Szenarien wie Gedächtnisverlust („The Disappearance of Conan Edogawa“), Alterung um zehn Jahre durch ein experimentelles Gegenmittel („The Stranger from Ten Years Later“) und kollaborative Fälle mit Verbündeten wie Heiji Hattori und Kaito Kid erkunden. Spin-offs wie „Zero's Tea Time“ zeigen seine Interaktionen mit Rei Furuya, während „The Police Academy Arc“ vertrauensbasierte Zusammenarbeit während Hochrisiko-Einsätzen zeigt. Diese Geschichten betonen durchgängig seine deduktive Stärke, Abhängigkeit von Technologie und unerschütterliche Mission, die Schwarze Organisation zu zerschlagen.