Conan Edogawa, einst Shinichi Kudo, ein 17-jähriger Wunderkind-Detektiv, der für die Aufklärung komplexer Fälle bekannt war, überlebt eine experimentelle Droge, die ihn töten sollte, nachdem er einen kriminellen Austausch beobachtet hat. Das Gift verjüngt seinen Körper auf den eines Siebenjährigen, was ihn zwingt, das Pseudonym „Conan Edogawa“ anzunehmen – inspiriert von den Krimiautoren Edogawa Ranpo und Arthur Conan Doyle –, um seine Lieben vor der schattenhaften Organisation zu schützen, die dafür verantwortlich ist. Er findet Zuflucht bei Ran Mouri und ihrem Vater, Kogoro Mouri, einem tollpatschigen Privatdetektiv, und gibt sich als entfernter Verwandter aus.
Mit seinem scharfen Verstand löst Conan heimlich Kogoros Fälle mit Gadgets wie einer stimmenverändernden Krawatte und einer Betäubungsuhr, wobei er seine Beteiligung verschleiert, um Kogoros Ruf zu wahren. In der Grundschule schließt er sich mit seinen Klassenkameraden Ayumi, Mitsuhiko und Genta zu den „Detektivjungen“ zusammen und verbindet kindliche Streiche mit verdeckten Ermittlungen. Obwohl er Erwachsenen gegenüber kindliche Naivität vortäuscht, werden seine deduktiven Ausrutscher schnell Fernsehsendungen oder Mentoren zugeschrieben.
Während des *Sekigan no Flashback*-Vorfalls arbeitet Conan mit Nagano-Inspektor Kansuke Yamato – einem Überlebenden einer Lawine und Schusswunde – und dem Public-Security-Agenten Rei Furuya zusammen, um eine Verschwörung aufzudecken, die auf einen früheren Raubüberfall zurückgeht. Er deckt die Rache motive des Undercover-Agenten Atsunobu Hayashi auf, die mit dem Tod seiner Geliebten verbunden sind, und vereitelt einen Lawinenangriff. Indem er ein Radioobservatorium nutzt, um Satellitendaten abzufangen, beweist Conan seine Raffinesse bei der Abwendung einer Katastrophe.
Sein einfühlsames Verständnis für menschliche Dynamik zeigt sich, als er Officer Yui Uehara diskret von Yamatos Überleben informiert, um ihre Qual zu lindern. Vertraute Verbündete wie die FBI-Agentin Jodie Starling und Inspektor Yamato spüren seine außergewöhnlichen Fähigkeiten, doch seine wahre Identität bleibt streng gehütet. Zwischen gefährlichen Ermittlungen und Schulalltag bewahrt Conan eine fragile Normalität durch Freundschaften und Klassenroutinen.
Sein Doppelleben verbindet kindliche Kameradschaft mit ernster Verantwortung, vermittelt zwischen den Eskapaden der Detektivjungen und Bedrohungen, die mit seiner Vergangenheit verknüpft sind. Seine sich entwickelnde Bindung zu Ran, die ahnungslos ihr Verlangen nach Shinichi offenbart, schafft emotionale Spannung. Bestrebt, sein ursprüngliches Leben zurückzuerlangen und andere zu schützen, verkörpert Conan ein Paradox – eine jugendliche Fassade, die den unerbittlichen Entschluss eines Detektivs verbirgt, stets auf dem schmalen Grat zwischen Geheimnis und Wahrheit.