John H. Watson, ein ehemaliger Militärarzt und Kampfsanitäter, der im Ersten Anglo-Afghanischen Krieg körperlich und psychisch verwundet wurde, geht trotz körperlicher Erholung aufgrund anhaltender Traumata mit einem Stock. Nach seiner Rückkehr nach London schlug ein Freund, Stamford, vor, sich ein Zimmer mit Sherlock Holmes zu teilen. Bei ihrem ersten Treffen in der 221B Baker Street entdeckte Watson Sherlock mitten in einem inszenierten Blutbad während eines Experiments. Sherlock leitete Watsons Militärdienst und schriftstellerische Ambitionen ab, was zu ihrer Wohnungsgemeinschaft führte, nachdem sie die Zustimmung der Vermieterin Miss Hudson erhalten hatten.
Als Sherlocks Assistent bei Ermittlungen wendet Watson medizinische Expertise und deduktive Fähigkeiten am Tatort an. Er dokumentiert ihre Fälle für das Strand Magazine unter dem Pseudonym „Conan Doyle“ und fiktionalisiert Elemente für narrative Wirkung – eine Praxis, die Sherlock gelegentlich kritisiert, da sie Drama über Genauigkeit stellt. Watson hält an einem starken Moralkodex fest und widersetzt sich häufig Sherlocks ethisch fragwürdigen Methoden. Dieser Konflikt gipfelte darin, dass Watson seine eigene Waffe auf Sherlock richtete, um ihn daran zu hindern, einen sterbenden Mann, Jefferson, für Informationen zu erschießen. Später rügte Watson Sherlock nach einem tatsächlichen Mord und betonte die lebenslange Belastung, die das Töten mit sich bringt.
Vor seiner Ehe war Watson als erfolgreicher Frauenheld bekannt, laut Sherlock häufig mit verschiedenen Damendüften in Verbindung gebracht. Schließlich heiratete er Mary Morstan; sie lebten glücklich in einem Einfamilienhaus, das mit seinen Buchhonoraren gekauft wurde. Nach Marys Tod, erwähnt als Watsons „trauriger Verlust“, heiratete er erneut eine namenlose Frau und zog zeitweise aus der Baker Street aus, kehrte aber nach Marys Tod zurück. Beruflich balancierte er seine Arztpraxis mit dem Schreiben, wobei seine Klinik unerwünschte Anfragen von Fans der Detektivliteratur erhielt. Seine Persönlichkeit vereint Loyalität und Intelligenz mit einer Vorliebe für Stabilität, da er Geschäftigkeit ablehnt und den Frieden schätzt.
In späteren Jahren, am Vorabend des Ersten Weltkriegs, trat Watson erneut in den Militärdienst ein. Seine Beziehung zu Sherlock überdauerte Jahrzehnte der Zusammenarbeit, moralischer Konflikte und gemeinsamer Fälle, wodurch ihre Partnerschaft als zentraler Bestandteil beider Leben gefestigt wurde.