Naoto teilt eine gemeinsame Kindheitsgeschichte mit Shuichi Kagaya, Kaito, Honoka und Elena Aoki, wobei sie vor den Ereignissen der Geschichte eine enge Gruppe bildeten. Ihre gemeinsame Vergangenheit umfasst Begegnungen mit der außerirdischen Entität, die wunscherfüllende Münzen verteilt, eine Dynamik, die durch tragische Missverständnisse und den Missbrauch der Münzen zerstört wurde.
Er besitzt eine Monster-Verwandlungsfähigkeit, die einem Maskottchen-Kostüm ähnelt, ähnlich wie bei Shuichi, obwohl ihr genaues Aussehen und ihre Kampffähigkeiten undefiniert bleiben. Mit einem pragmatischen und strategischen Denkansatz steht Naoto an Elenas Seite. Er schließt sich ihrer Mission an, das von Kaito beschützte außerirdische Raumschiff zu infiltrieren, der durch 100 Münzen immense Macht erlangte, um Honoka wiederzubeleben. Naoto hinterfragt Kaitos Motive und vermutet Verbindungen zwischen dem Beschützer des Raumschiffs und ihrer Gruppe.
Naoto erweist sich als aufmerksam und moralisch bewusst. Er erkennt die wiederbelebte Honoka als monströs und nicht mehr menschlich an. Außerdem äußert er Skepsis gegenüber den emotionalen Fähigkeiten des Außerirdischen und bemerkt dessen sichtbare Trauer, als Honoka verschwand. Sein Engagement rührt von dem Wunsch, das durch die Münzen und Kaitos Handlungen verursachte Chaos zu lösen. Er überlebt die Serie und wird ein Jahr später in einer Welt gezeigt, in der das Wissen über die Münzen öffentlich ist. Er bleibt sich der anhaltenden Kämpfe bewusst und beobachtet die fortbestehenden Bedrohungen durch die Münzen und die Entität in Shuichi.
Seine Beziehung zu Elena ist eine der Allianz und gemeinsamen Geschichte. Sie arbeiten zusammen, um Kaito zu konfrontieren, angetrieben durch ihr Verständnis der vergangenen Ereignisse rund um Honokas Tod und Wiederbelebung. Naoto war Zeuge des entscheidenden Moments, in dem Kaito Honoka – die sich in Aiko (eine verstorbene Freundin) verwandelt hatte – aus Wut und Verzweiflung erwürgte. Dieses Ereignis festigte Naotos Sicht auf Kaitos zerstörerischen Extremismus.
Am Ende verändert sich Naotos Rolle zu der eines Beobachters. Er bleibt sich über Shuichis Zustand im Klaren – der die Entität, die Honoka geworden war, in sich einschließt – und über Clairs Bemühungen, ihn zu unterstützen. Er erlebt, wie sie zurückkehren, um den Gefahren zu begegnen, die aus der weitverbreiteten Kenntnis und dem Missbrauch der Münzen in der Folge entstehen.