Satoshi kommt plötzlich in Dahara City an, nachdem er durch Hoopas interdimensionalen Ring transportiert wurde, während er eine Wüstenregion durchreist. Diese Teleportation erfolgt, als er versucht, Hoopa davon abzuhalten, Essen zu stehlen, wodurch er und Pikachu in die Stadt gelangen. Als Hoopas zerstörerische Schattenform auftaucht, nachdem sich das Gefäß, das seine Kräfte versiegelt, öffnet, schützt Satoshi aktiv Hoopas eingeschränkte Form. Er koordiniert die Verteidigung mit herbeigerufenen Legendären Pokémon und führt Latios, Latias und Rayquaza im Luftkampf gegen die schattenkontrollierten Ur-Groudon, Ur-Kyogre, Dialga, Palkia, Giratina und Kyurem an. Er beteiligt sich selbst am Kampf, indem er auf Latios und Latias reitet. Ein entscheidender Moment tritt ein, als Satoshi das neu geschmiedete Gefäß fängt, was dazu führt, dass er vorübergehend von Hoopas Schatten besessen wird. In diesem Zustand handelt er widerwillig nach den zerstörerischen Absichten des Schattens. Pikachu versucht einzugreifen, bevor die Situation gelöst wird, als Hoopa seinem Schatten wertvolle Erinnerungen teilt, dessen Wut besänftigt und Satoshi befreit. Während der gesamten Krise arbeitet Satoshi mit Hoopas Betreuern Baraz und Meray zusammen, um das Gefäß neu zu erschaffen. Er unterstützt ihre Bemühungen, indem er sein Froxy zur Verfügung stellt; dessen wasserbasierte Fähigkeiten helfen bei der Herstellung des Gefäßes, zusammen mit Serenas Fynx und einem wilden Hippopotas. Er erkennt auch sofort Lugia wieder, das Hoopa herbeiruft, nachdem er ihm zuvor begegnet ist. Seine Handlungen betonen durchweg seinen schützenden Instinkt gegenüber Menschen und Pokémon, indem er Hoopas eingeschränkte Form beschützt und die Sicherheit der Zivilbevölkerung während der Kämpfe der Legendären Pokémon sowie der darauffolgenden Raum-Zeit-Verzerrung, die Dahara City bedroht, gewährleistet.