Makoto Yuuki wurde zehn Jahre vor den Hauptereignissen zum Waisen, als seine Eltern bei einem Autounfall auf der Moonlight Bridge ums Leben kamen. Dieses Trauma formte seine emotional distanzierte Natur, was zu einem reservierten, stoischen Auftreten führte. Er wird stets mit Kopfhörern, Händen in den Taschen und einer distanzierten Haltung gesehen. Seine einzigartige Wild Card-Fähigkeit ermöglicht es ihm, mehrere Personas zu beschwören. Orpheus dient als seine anfängliche Persona, obwohl Thanatos in kritischen Momenten gewaltsam aus ihr hervorbricht, was Makotos verborgene Verbindung zur Todes-Arkana widerspiegelt. Diese Verbindung stammt aus seiner Kindheit, als Aigis, eine Anti-Shadow-Waffe, ein Todes-Shadow-Fragment in ihm versiegelte, nachdem sie es nicht zerstören konnte, was seine Persona-Fähigkeiten verstärkte. Als Feldleader des Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) koordiniert er Schattenkampfoperationen während der Dark Hour. Seine taktischen Entscheidungen erweisen sich während der Full Moon Operations als entscheidend, wie etwa die Niederlage der Arcana Hierophant und Lovers zu Beginn des Films. Jeder Sieg über einen großen Schatten gewährt ihm eine entsprechende Arkana-Persona, die seine Fähigkeiten erweitert. Während eines SEES-Ausflugs nach Yakushima ignoriert er typische Teenageraktivitäten wie „Operation: Babe Hunt“ und konzentriert sich stattdessen auf die Beobachtung einer Krabbe. Der Ausflug wird folgenreich, als Mitsurus Vater die Ursprünge der Dark Hour und die Beteiligung von Yukari Takebas Vater enthüllt. Nachdem Yukari verzweifelt flieht, folgt Makoto, um sie zu trösten, und zeigt dabei seltene Empathie. Ihr Gespräch wird unterbrochen, als Schatten angreifen, was Aigis zum Eingreifen und Beitritt zu SEES veranlasst. Seine sich entwickelnden Beziehungen bilden subtile Unterströmungen. Aigis erklärt, ihr einziger Zweck sei es, ihn zu beschützen, was eine Bindung schafft, die Spannungen mit der eifersüchtigen Yukari auslöst. Später, während er das neue SEES-Mitglied Ken Amada begleitet, rettet er Ken vor Schatten im Schrein, was Kens Persona-Erwachen auslöst und seinen Rachefeldzug gegen Schatten für den Tod seiner Mutter anfacht. Makotos stabilisierende Rolle verstärkt sich, als SEES eskalierenden Bedrohungen wie der Strega-Fraktion gegenübersteht. Strega-Anführer Takaya Sakaki nutzt Kens Rachedurst gegen Shinjiro Aragaki aus und enthüllt, dass Shinjiro indirekt für den Tod von Kens Mutter durch einen außer Kontrolle geratenen Persona-Vorfall verantwortlich ist. In dem folgenden Zusammenstoß provoziert Ken Takaya, ihn zu erschießen, doch Shinjiro fängt die tödliche Kugel ab. Makoto kommt zu spät und wird Zeuge von Shinjiros Tod und Kens Zusammenbruch, was seine eigene Verlustgeschichte widerspiegelt. Makotos emotionale Reise beinhaltet eine schrittweise, begrenzte Öffnung. Er bewahrt eine distanzierte Fassade, zeigt aber keimendes Engagement durch das Trösten Yukaris oder die Interaktion mit Aigis. Er hegt unausgesprochene Ängste, seinen Sinn zu verlieren, sollte die Dark Hour enden, was auf Verletzlichkeiten unter seiner Distanziertheit hindeutet. Sein Filmdesign zeigt dunkelblaues Haar, eine Gekkoukan-High-Uniform mit lockerer schwarzer Schleife und stets vorhandenen Kopfhörern. In Yakushima trägt er ein navyblaues und weißes T-Shirt, behält aber seine charakteristischen Accessoires bei.