Makoto Yuuki ist der Protagonist von Persona 3 the Movie #1 Spring of Birth. Er ist ein sechzehnjähriger Austauschschüler, der nach Iwatodai City zieht, um im Iwatodai-Wohnheim zu leben, nachdem seine Eltern ein Jahrzehnt zuvor bei einem Autounfall auf der Moonlight Bridge ums Leben kamen. Bei seiner Ankunft erfährt er von der Dunklen Stunde, einer verborgenen Zeitspanne, in der die Zeit stillsteht und Monster namens Schatten erscheinen, und er erweckt die Fähigkeit, eine Persona zu beschwören, als das Wohnheim angegriffen wird. Er wird schnell in die Spezialisierte Außerschulische Exekutionseinheit, bekannt als SEES, rekrutiert, eine Gruppe von Persona-Nutzern, die sich der Beseitigung von Schatten und der Beendigung der Dunklen Stunde widmet. Mitsuru Kirijo bittet ihn, beizutreten, und er wird später aufgrund seiner ruhigen Art und seines taktischen Gespürs zum Feldleiter des Teams gewählt.

Makoto wird zunächst als apathisch und emotional distanziert dargestellt, gleichgültig gegenüber Leben und Tod. Er ist ruhig und beobachtend, hört oft Musik über Kopfhörer und behält seine Gedanken für sich. Diese emotionale Distanz rührt von dem Trauma her, seine Eltern verloren zu haben und zwischen Verwandten hin- und hergeschoben worden zu sein. Im Laufe des Films beginnt er, Bindungen zu seinen Teamkameraden aufzubauen, die ihn langsam aus seiner Zurückhaltung locken. Seine Motivationen drehen sich darum, das Geheimnis hinter der Dunklen Stunde und den Schatten zu verstehen sowie die Menschen um ihn herum zu beschützen. Er wird nicht von Rache oder Ehrgeiz getrieben, sondern von einem wachsenden Verantwortungsgefühl und dem Wunsch, andere davor zu bewahren, einen ähnlichen Verlust zu erleiden.

Zu den wichtigsten Beziehungen im Film gehören Yukari Takeba, die seine Geschichte des Elternverlusts teilt und eine enge Vertraute wird; Junpei Iori, dessen überschwängliche Energie einen Kontrast zu Makatos Zurückhaltung bildet; sowie Mitsuru Kirijo und Akihiko Sanada, die als ältere Mentoren fungieren. Er baut auch eine sanfte Freundschaft mit Fuuka Yamagishi auf, der er hilft, aus Tartarus zu retten. Im Velvet Room trifft er dessen Meister Igor und seine Assistentin Elizabeth, die ihn beim Verschmelzen und Verwalten mehrerer Personas anleiten. Ein mysteriöser Junge namens Pharos erscheint ihm in einer Post-Credit-Szene und deutet eine tiefere Verbindung an.

Makoto ist unter seinen Kameraden einzigartig, da er die Wild Card-Fähigkeit besitzt, die es ihm erlaubt, mehrere Personas zu führen und im Kampf zwischen ihnen zu wechseln. Seine anfängliche Persona ist Orpheus des Narren-Arkanums. Er kann auch neue Personas im Velvet Room verschmelzen, was ihm einen vielseitigen Kampfstil verleiht, der sich an verschiedene Gegner anpasst. Am Ende des Films hat er starke Führungsqualitäten unter Druck bewiesen, die Bereitschaft, Risiken für sein Team einzugehen, und eine stille Entschlossenheit, die ihm das Vertrauen seiner Verbündeten einbringt. Seine Entwicklung in Spring of Birth legt das Fundament für sein Wachstum von einem zurückgezogenen Waisenkind zu einem mutigen Beschützer.