Aiko Tachibana, ein 15-jähriges Mädchen, sieht ihr Leben durch die katastrophale "Burst" im Jahr 2035 während eines japanischen Forschungsprojekts zerstört. Das Ereignis bringt "Matter" hervor, eine unkontrollierbare künstliche Lebensform, die die Kurobe-Schlucht verwüstet und die Regierung dazu zwingt, die zerstörte Forschungsstadt abzuriegeln. Durch die Katastrophe zur Waise geworden, kämpft Aiko mit unverarbeiteter Trauer über den Verlust ihrer Familie. Zwei Jahre später enthüllt der Transferstudent Yuya Kanzaki eine verborgene Wahrheit: Ihr Körper steht in entscheidender Verbindung zum Ursprung der Burst, dem Primary Point. In einen gnadenlosen Auftrag gedrängt, sucht Aiko nach Antworten über ihre künstliche Physiologie und deren Zusammenhang mit der Tragödie. Ihre Suche zwingt sie, sich den ethischen Dilemmata und der existenziellen Last ihres Zustands zu stellen, während sie den Gefahren der gefährlichen Quarantänezone trotzt. Die Geschichte folgt ihrer Widerstandsfähigkeit und Entschlossenheit, die Krise zu beenden, angetrieben von ihrem Drang, die Kontrolle über ihre Identität zurückzugewinnen und das Erbe ihrer Familie zu ehren. Gemeinsam mit Verbündeten kämpft sie darum, die anhaltende Bedrohung durch Matter zu zerschlagen und die ungelösten wissenschaftlichen und persönlichen Folgen der Burst zu bewältigen.