Megatrons Präsenz in Transformers: Energon beginnt mit seiner scheinbaren Zerstörung am Ende der vorherigen Serie, wobei seine Leiche im schlafenden Unicron ruht. Die Entität Alpha Q erschafft ein Schwert aus Megatrons Funken, um die Loyalität der erdbasierten Decepticons zu sichern. Megatron plant seine eigene Wiederauferstehung, übernimmt die Kontrolle über Unicrons Körper und zwingt Alpha Q, in Unicrons Kopf zu fliehen. Mit Unicron greift Megatron die Erde direkt an, insbesondere Ocean City. Alpha Q kontert, indem er Starscream als Attentäter neu erschafft, um Optimus Prime zu eliminieren, doch Starscream wird stattdessen einer Gehirnwäsche unterzogen, um Megatron zu dienen. Scorponok, der scheinbar Alpha Q dient, agiert als Maulwurf in Megatrons Decepticon-Reihen. Megatron mobilisiert Unicrons wiederbelebten Körper, um die Autobots durch eine Raumbrücke zu verfolgen, und taucht in der Nähe von Cybertron auf. Der Planet, der mit Energon-Türmen befestigt ist, feuert auf Unicron und verursacht erheblichen Schaden. Während dieses Konflikts schließt sich der Decepticon-Verbrecher Shockblast Megatron an. Guard Wing Dagger wird von Primus als Wing Saber neu erschaffen, nachdem sein Partner Padlock während Shockblasts Flucht stirbt. Megatron rekonstruiert seinen beschädigten Gefolgsmann Tidal Wave zu Mirage. Megatron gelingt es schließlich, Unicron vollständig zu beleben, den Kopfabschnitt zurückzuerobern und Alpha Q zu töten. Shockblast versucht, die Kontrolle über Unicron zu übernehmen, doch das Bewusstsein des Planetenfressers überwältigt seinen Verstand und zerstört Shockblast. Megatron übernimmt erneut das Kommando, kämpft jedoch gegen Unicrons Einfluss, als ihre Geister während eines Zusammenstoßes mit Optimus Supreme um die Vorherrschaft ringen. Nach Unicrons physischer Zerstörung bleibt sein Bewusstsein in Megatron erhalten. Nachdem viele Decepticons auf Cybertron gefangen genommen und inhaftiert werden, führt Megatron einen Angriff an, um sie zu befreien. Shockblasts Bruder Sixshot schließt sich den Decepticons an, um Rache an Optimus Prime zu nehmen. Geleitet von Unicrons verbleibendem Bewusstsein entdeckt Megatron ein unterirdisches Reservoir mit Super-Energon. Das Eintauchen in diese Substanz verwandelt ihn in Galvatron. Diese Transformation erweckt zwei Wächter des Super-Energons – Bruticus Maximus und Constructicon Maximus –, die sich Galvatron anschließen. Der dritte Wächter, Superion Maximus, verbündet sich mit den Autobots. Galvatron überzieht Cybertons Oberfläche mit schädlichem Energon-Gas und schneidet die Autobots vom Planeten ab. Er übernimmt die Kontrolle über den Planeten und lenkt ihn auf Alpha Qs neu erschaffene Welten. Die Autobots wenden schließlich das Blatt, doch Galvatron taucht erneut in das Super-Energon ein, wächst auf kolossale Größe, während Unicrons Geist vollständig die Kontrolle übernimmt und ihn anweist, sich mit Unicrons Funken im Weltraum zu vereinen. Optimus Prime wächst ebenfalls auf gigantische Größe, konfrontiert Galvatron und entzieht seinem Körper Unicrons Essenz. Galvatron versucht, Unicrons Funken zu zerstören, wird jedoch von ihm besessen. Alle Autobots kombinieren ihre Kombinationsfunken mit Optimus Prime, um ihn wiederzubeleben. Galvatron erlangt kurzzeitig die Kontrolle zurück und stürzt sich in eine neu entstandene Sonne, die Primus aus dem Super-Energon erschaffen hat, und wählt den Tod anhaltender Manipulation vor. Diese Tat entzündet die Sonne und belebt Alpha Qs Welten neu. In ergänzenden Medien wie beiliegenden Comic-Heften zu Spielzeugen sendet Megatron Streitkräfte wie die Divebombs oder Insecticons aus, um das Energon der Erde zu absorbieren oder kämpft direkt gegen Optimus Prime. Er beobachtet bedeutende Ereignisse, einschließlich des Auftretens von Optimus Primes Doppelgänger Grand Scourge, mit Interesse. Diese Materialien zeigen seinen unerbittlichen Machtstreben und seine Konfrontationen mit den Autobots, die in seiner Verwandlung und seinem Opfer gipfeln.