Makoto Yūki, ein verwaister Teenager, der nach Iwatodai City zieht, übernimmt die Führung des Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES), einer Gruppe, die sich der Bekämpfung übernatürlicher Schatten widmet, die die Dark Hour plagen. Mit der seltenen Fähigkeit, mehrere Personas zu beschwören, führt er Orpheus als seine primäre Entität und setzt Oberon in strategischen Begegnungen ein – letzterer spiegelt Motive wider, die mit einem filmischen Titel verbunden sind. Mit der Aufgabe, zwölf Arcana-Schatten zu vernichten, um die Dark Hour zu beenden, enthüllen seine Missionen die Ursprünge des Phänomens, die mit der Vergangenheit der Kirijo-Gruppe und dem tragischen Tod von Yukari Takebas Vater verflochten sind. Anfangs verschlossen und emotional distanziert, durchlebt Makoto tiefgreifende innere Konflikte. Als er die Wahrheit über die Dark Hour und die existenzielle Leere, die auf ihre Lösung wartet, entdeckt, zögert er in entscheidenden Momenten. Seine Zurückhaltung während des Hermit-Arcana-Konflikts gefährdet den Zusammenhalt von SEES und löst indirekt Shinjiro Aragakis Persona-Ausbruch aus. Zwischenmenschliche Spannungen kommen auf, als er Yukari bei der Bewältigung des dunklen Erbes ihres Vaters unterstützt, nur um mit ihrer wachsenden Eifersucht konfrontiert zu werden, als Aigis – ein Android, der ausschließlich seinem Schutz gewidmet ist – sich ihrer Gruppe anschließt. Aigis‘ unerschütterliche Loyalität verändert die Teamdynamik, doch Makotos Reaktionen bleiben zurückhaltend und verdecken tiefere emotionale Unterströmungen. Tragik prägt seinen Weg weiter. Während Ken Amadas Rachefeldzug greift Makoto ein, um Blutvergießen zu verhindern, doch Shinjiros opferreicher Tod hinterlässt eine unauslöschliche Spur. Auf der Beerdigung konfrontiert er die Last der Sterblichkeit und die Bürden der Führung. Ein Post-Credit-Cameo von Ryoji Mochizuki deutet auf bevorstehende Bedrohungen jenseits der Dark Hour hin. Geleitet von rätselhaften Ratschlägen im Velvet Room – einem Reich zwischen Traum und Realität – wird er ermutigt, flüchtige Freuden zu schätzen und sich gleichzeitig vor drohender Gefahr zu schützen, was das fragile Gleichgewicht zwischen Pflicht und Menschlichkeit widerspiegelt. Seine Odyssee verwebt kollektive Bindungen gegen das Gespenst der Einsamkeit, umrahmt von Kämpfen gegen äußere Feinde und dem stillen Sturm des Zweifels in seinem Inneren.