Lysandre macht eine markante Figur: groß und schlank mit muskulösem Körperbau, blasser Haut und durchdringenden blauen Augen. Sein auffälligstes Merkmal ist sein spitzes oranges Haar, das nahtlos in einen passenden Bart übergeht. Er kleidet sich scharf in einem schwarzen Anzug mit roter Futterung, einem flauschigen grauen Kragen, schwarzen Lederschuhen und schwarzen fingerlosen Handschuhen. Ein Mega-Ring schmückt seinen linken Mittelfinger. In den finalen Phasen seines Plans fügt er orangefarbene gestreifte Brillen, ein faltbares braunes Armschiene an seiner rechten Hand und einen großen Rucksack hinzu, der drahtgesteuerte insektenartige Vorrichtungen bereitstellen kann, die darauf ausgelegt sind, Pokémon-Energie zu ernten. Nach außen hin ruhig und als Leiter von Lysandre Labs respektiert, setzt er sich für eine Vision einer besseren Zukunft ein. Diese Fassade verbirgt eine tiefe Desillusionierung, die aus vergangenen humanitären Bemühungen resultiert, die auf Gier und Undankbarkeit stießen. Diese Erfahrung festigte seine Überzeugung, dass die Ressourcen der Welt für ihre Bevölkerung nicht ausreichen, und führte ihn zu dem Schluss, dass nur eine auserwählte Gruppe das Überleben verdient. Er plant die Auslöschung des größten Teils des Lebens – Mensch und Pokémon –, um eine Utopie für die Auserwählten zu schaffen. Diese Philosophie überträgt er auch auf Pokémon, da er glaubt, dass Domestizierung ihre Kampfinstinkte geschwächt hat, und es als seine Pflicht ansieht, ihre Wildheit wieder zu entfachen. Pragmatisch und manipulativ nutzt er Schwächen aus, wie Alains Sorge um Mairins verletztes Chespie, um Kooperation zu sichern. Sein Hintergrund umfasst umfangreiche globale humanitäre Arbeit mit seinen Wissenschaftlern und Pokémon. Die Gier, die er während dieser Einsätze erlebte, lenkte seine Ambitionen schließlich auf die Zerstörung der Welt. In Mega Evolution Special II rekrutiert er Alain, indem er dessen Glurak mit seinem Pyrole besiegt, und stattet Alain anschließend mit Charizardit X und einem Key Stone aus. Auf einer Reise nach Hoenn, um einen ruhenden Monolithen im Zusammenhang mit Mega-Entwicklung zu studieren, begleitet er Alain, Mairin und Steven Stone. Als Alains Mega-Glurak X gegen Stevens Mega-Metagross kämpft, greift Lysandre mit Pyrole ein, um den Kampf zu stoppen. Er arbeitet mit Steven zusammen, um ein uraltes Portal mit Hilfe von Steinfragmenten zu aktivieren, das einen Giant Rock in einem Himmelstempel enthüllt. Lysandre schickt Wissenschaftler, um den Felsen zu analysieren, doch Chaos bricht mit dem Erscheinen und der Mega-Entwicklung von Rayquaza aus, wodurch der Felsen verschwindet. Später beauftragt er Alain, Steven nach Rustboro City zu begleiten, um den Felsen zu verfolgen, und nimmt Alain mit nach Kalos für intensives Training. Lysandre setzt strategisch wichtige Verbindungen ein. Während der Hoenn-Expedition pflegt er eine professionelle Beziehung zu Steven Stone und nutzt dessen Expertise in Mega-Entwicklung. Alain dient ihm sowohl als Schützling als auch als Werkzeug; Lysandre fördert gezielt Alains Stärke, um Daten zu sammeln und die Ziele von Team Flare voranzutreiben. Wissenschaftler wie Xerosic leisten entscheidende Unterstützung, indem sie Phänomene wie den Giant Rock und Zygarde-Kerne analysieren. Der Giant Rock wird zum zentralen Element seines Plans. Nach der Verlegung nach Kalos integriert er ihn in Team Flares Ultimative Waffe, um dessen mit Mega-Entwicklung verbundene Energie für die globale Vernichtung zu nutzen. Dies gipfelt während der Kalos-Liga-Finals: er kapert den Prism Tower, fängt Zygarde und entfesselt verheerende Wurzeln über Lumiose City. In einer Übertragung verkündet er öffentlich seinen genozidalen Plan und enthüllt sich als Anführer von Team Flare. Auf dem Turm konfrontiert er Alain, rechtfertigt seine Taten als notwendig für eine „schöne Welt“ und verspottet die Sinnlosigkeit von Stärke ohne Zweck. Er fängt Ash und seine Pokémon, um Ashs Bond-Phänomen mit Greninja auszunutzen, während er die anderen als Geiseln hält. Lysandres weitere Schritte umfassen die Überwachung globaler Team Flare-Operationen, das Einfangen eines zweiten Zygarde-Kerns und die Inszenierung der Aktivierung der Waffe. Sein endgültiges Schicksal nach dem Einsatz der Waffe bleibt ungeklärt.