Naoya Nifuji ist der 19-jährige, sieben Jahre jüngere Bruder von Hirotaka Nifuji. Als Student jobbt er als Barista in einem Café neben dem Bürogebäude seines Bruders. Er hat hell golden-braun gefärbtes Haar (natürlich blau, wie Hirotaka), dunkelblaue Augen und ist 177 Zentimeter groß. Geboren am 21. April mit Blutgruppe AB, besitzt Naoya eine fröhliche, gesellige Persönlichkeit, die oft durch ihr markantes katzenartiges Lächeln auffällt. Er genießt seine Arbeit als Barista und es bereitet ihm Freude, Kunden zufriedenzustellen. Im Gegensatz zu seinem Bruder und den meisten Gleichaltrigen ist er kein Otaku, kennt sich nicht mit Otaku-Slang und Internet-Subkulturen aus und ist besonders ungeschickt in Videospielen.
Naoya sorgt sich sehr um seinen introvertierten älteren Bruder, macht sich ständig Gedanken über Hirotakas Wohlbefinden und feiert dessen Erfolge. Er hat eine enge, geschwisterliche Bindung zu Narumi Momose, die ihn wie einen jüngeren Bruder betrachtet; sie beschützt ihn, was sich zeigt, wenn sie wütend wird, weil sie glaubt, jemand habe ihn zum Weinen gebracht.
Seine bedeutende Entwicklung ergibt sich aus seiner Beziehung zu Kō Sakuragi, einer sozial ängstlichen, leidenschaftlichen Gamerin und Kommilitonin. Sie treffen sich erstmals in seinem Café, wo er sie beim Spielen statt beim Lernen beobachtet. Nachdem er vergessene Unterlagen an ihrer Universität zurückgibt, kommt es zu einem Missverständnis, als Naoya den Wunsch äußert, Freunde zu sein, was Kō als Spielanfrage interpretiert. Trotzdem entwickeln sie eine echte Freundschaft, die sich um Gaming und Arcade-Besuche dreht. Naoyas Gefühle für Kō gehen über Freundschaft hinaus. Er missversteht ihre Aussage, ihn zu mögen und für immer Freunde bleiben zu wollen, als romantisch, was zu Enttäuschung führt. Später, als Kō einen Teilzeitjob beginnt und seine Einladungen häufig ablehnt (oft mit vorgeschobener Arbeit), ist Naoya verzweifelt, holt sich Rat bei Hirotaka (weint über die Situation) und Freunden und gesteht schließlich seine romantischen Gefühle, die Kō glücklich annimmt, woraufhin ihre Beziehung beginnt.
Zukünftige Entwicklungen deuten darauf hin, dass ihre Beziehung sich vertieft. Die Autorin erwähnt, dass Naoya plant, ihr einen Heiratsantrag zu machen, indem er sie in einem Videospiel besiegt, obwohl Kō ahnungslos bleibt und weiterhin konsequent gewinnt. Illustrationen zeigen Naoya, wie er sie lächelnd herausfordert, und Kō nennt ihn liebevoll "Nao-chan", was ihre anhaltende Verbundenheit signalisiert.