Shinichi Kudo, ein 16-jähriges Wunderkind, das als „Großer Detektiv des Ostens“ gefeiert wird, schärft seine außergewöhnlichen deduktiven Fähigkeiten durch eine Kindheit, die von Kriminalanalyse und Krimis geprägt war, beeinflusst von seinem Vater Yusaku – einem gefeierten Schriftsteller – und seiner Mutter Yukiko, einer ehemaligen Schauspielerin. Ein entscheidendes Ereignis im Kindergarten offenbart seinen beschützenden Charakter, als er die Entführung von Ran Mouri vereitelt, was eine unzerbrechliche Bindung zu seiner Kindheitsfreundin und zukünftigen Liebesinteresse schmiedet. Sein Leben zerbricht nach einer schicksalhaften Begegnung mit der Schwarzen Organisation in Tropical Land, wo er gezwungen wird, das experimentelle Gift APTX 4869 einzunehmen, das ihn auf den Körper eines Kindes schrumpfen lässt. Unter dem Alias Conan Edogawa – eine Anspielung auf die Krimiautoren Arthur Conan Doyle und Edogawa Rampo – bittet er den Erfinder Professor Agasa um Hilfe, um seine Identität zu verbergen. Gezwungen, bei Ran und ihrem Vater Kogoro, einem Detektiv, zu leben, verfolgt er heimlich die Organisation durch deren Agentur und nutzt Gadgets wie eine stimmenverändernde Krawatte und eine Schlafpistolen-Uhr, um Ermittlungen zu manipulieren. Einst von Arroganz und dem Durst nach Ruhm getrieben, wandelt sich Shinichis Selbstwahrnehmung während seines versteckten Lebens als Conan. Er verzichtet auf öffentlichen Ruhm, löst Fälle anonym durch Kogoro und priorisiert Empathie über Ego – greift ein, um Selbstmorde von Tätern zu verhindern, und kämpft mit Schuldgefühlen über ungelöste Tragödien. Die romantische Ungewissheit mit Ran entwickelt sich durch fast-Geständnisse, die von Gefahr unterbrochen werden, und gipfelt in einer gegenseitigen Anerkennung ihrer Gefühle während einer Konfrontation in London. Verbündete verstärken seine Mission: Der Rivale Heiji Hattori schärft seine Instinkte, während Shiho Miyano (Haibara), die Entwicklerin von APTX 4869 und spätere Verbündete, flüchtige Gegenmittel liefert, um seine wahre Gestalt wiederherzustellen – ein riskantes Spiel, das seinen Körper belastet. Ihre Einblicke in die schattenhafte Hierarchie der Organisation, einschließlich des undurchsichtigen Anführers Renya Karasuma, stärken seinen Entschluss. Als talentierter Fußballspieler und Kampfkünstler nutzt Shinichi seine athletischen Fähigkeiten, um Verdächtige zu überwältigen, während seine Sprachkenntnisse in Englisch, Deutsch und Italienisch globale Ermittlungen erleichtern. Trotz seiner Unfähigkeit, richtig zu singen, spiegelt sein Geigenvirtuosentum und sein perfektes Gehör sein literarisches Vorbild Sherlock Holmes wider. Aktuelle Bestrebungen verflechten sich mit FBI-Agenten und Undercover-Operativen wie Kir, um die Schwarze Organisation zu zerschlagen. Während er seine Doppelidentität jongliert, meistert er das Grundschulleben mit den Detektivjungen, hütet sein Geheimnis und kommt dem Gerechtigkeit schrittweise näher – Fall für Fall.