Shinichi Kudo, ein 17-jähriger Highschool-Detektiv, der für die Lösung rätselhafter Fälle bekannt ist, wurde von der Black Organization mit dem experimentellen Gift APTX 4869 vergiftet, das ihn in ein Kind schrumpfen ließ. Um seine Identität zu verbergen und andere zu schützen, nahm er das Pseudonym Conan Edogawa an, eine Kombination der Namen der Krimiautoren Arthur Conan Doyle und Edogawa Rampo. Er lebt nun mit seiner Kindheitsfreundin Ran Mouri und deren Vater, dem Privatdetektiv Kogoro Mouri. Unter dem Deckmantel eines Erstklässlers an der Teitan-Grundschule nutzt er deren Detektei als Basis, um die Organisation zu untersuchen. Als Sohn des Mystery-Autors Yusaku Kudo und der ehemaligen Schauspielerin Yukiko Kudo entwickelte Shinichi schon früh beeindruckende deduktive Fähigkeiten, beeinflusst durch die Besuche seines Vaters an Tatorten und seine umfangreiche Lektüre von Kriminalromanen. Seine Fähigkeit, Fälle zu lösen, die die Behörden ratlos zurückließen, brachte ihm Spitznamen wie „Heisei Holmes“ und „Detektiv des Ostens“ ein. Während er anfangs Arroganz zeigte und die öffentliche Anerkennung genoss, förderte seine missliche Lage größere Bescheidenheit. Zu seinen engen Vertrauten zählen Ran, der Erfinder Professor Agasa, der Mitdetektiv Heiji Hattori und Ai Haibara – eine ehemalige Wissenschaftlerin der Black Organization, die ebenfalls geschrumpft wurde und nun vorübergehende Gegenmittel zu APTX 4869 herstellt. Shinichi vereint intellektuelle Stärke mit emotionaler Tiefe, zeigt scharfe Beobachtungsgabe und logisches Denken und vergleicht sich oft mit Sherlock Holmes. Obwohl er direkt und manchmal sozial unempfindlich ist, schätzt er menschliches Leben zutiefst, lehnt jede Rechtfertigung für Mord ab und betrachtet das Treiben von Tätern in den Suizid als gleichwertig mit Mord. Seine romantischen Gefühle für Ran, anfangs aufgrund von Zögern unausgesprochen, gestand er in London während einer kurzen Rückkehr zu seiner ursprünglichen Form. In der TV-Special-Folge „Das Verschwinden von Conan Edogawa: Die schlimmsten zwei Tage der Geschichte“ wird Conan entführt, nachdem er verdächtige Männer in einem Badehaus beobachtet hat. Er simuliert Gedächtnisverlust aufgrund einer Kopfverletzung, um in ihren Plan einzudringen, und deckt auf, dass sie ihn als ahnungslosen Bomber bei einem Festival einsetzen wollen. Nachdem er vorgibt, eine Schlaftablette einzunehmen, rät er dem Entführer Kondo später davon ab, zu fliehen, um die Sicherheit zu gewährleisten. Conan folgert, dass der Drahtzieher Tatsu seinen Tod vorgetäuscht und Bomben in Kondos Wohnung platziert hat. Die Situation eskaliert, als Ran Conan und andere Geiseln rettet. Conan warnt die Polizei, Tatsu über ein verstecktes Gerät zu verfolgen, was zu dessen Festnahme und der Entschärfung der Bomben führt. Neben seiner Deduktion besitzt Shinichi vielfältige Fähigkeiten. Als versierter Fußballspieler, der in der Mittelschule professionell beobachtet wurde, setzt er präzises Ballschlagen defensiv ein. Er handelt geschickt mit Schusswaffen dank Training in seiner Kindheit und zeigt akrobatische Beweglichkeit. Akademisch spricht er fließend Englisch und versteht Deutsch und Italienisch. Trotz seines absoluten Gehörs kann er nicht sauber singen. Er spielt Geige, hat aber Schwierigkeiten mit der Technik. Seine Ermittlungswerkzeuge – eine stimmenverändernde Krawatte, eine Betäubungsuhr und leistungssteigernde Sneaker – unterstützen seine Arbeit, erfordern aber diskreten Einsatz, um seine Kinderidentität zu wahren.