Baikinman, dessen Name übersetzt „Keim-Mann“ bedeutet, ist der Hauptantagonist der langjährigen Serie. Seine Herkunft ist direkt mit der seines heldenhaften Gegenstücks verbunden; er kam als Ei vom fernen Baikin-Planeten auf die Erde und schlüpfte genau in dem Moment, als Anpanman geboren wurde – ein Zufall, der seine gesamte Existenz bestimmt. Sein physisches Design ist eine anthropomorphe und bewusst groteske Darstellung eines Keims oder einer Fliege. Er hat einen schwarzen, pelzigen Körper, große, hervorstehende Zähne, pinke Augen, violette Lippen, eine violette Nase, zwei Fühler, surrende fliegenartige Flügel, einen zickzackförmigen Schwanz und eine auffallend lange, schleimige blaue Zunge. Während er zunächst so aussah, als trüge er einen schwarzen Bösewicht-Anzug, wurde inzwischen festgestellt, dass seine schwarze Färbung tatsächlich eine schützende Außenschicht aus Schimmel und Mehltau ist; wenn er jemals gründlich mit Seife gewaschen oder desinfiziert wird, kommt sein wahrer Körper zum Vorschein, der darunter knochenweiß ist.

Baikinmans Persönlichkeit ist geprägt von einem großspurigen und impulsiven Narzissmus. Er ist laut, unhöflich und hat einen obsessiven, ungesunden Drang, Anpanman zu besiegen, und betrachtet diese Mission als seinen einzigen Daseinszweck. Sein Ego spiegelt sich in seiner Umgebung wider; er lebt in einem Schloss, das in Form seines eigenen Kopfes gebaut ist, und verwendet ausschließlich das pompöse japanische Pronomen ore-sama, das ein übertriebenes Selbstwertgefühl vermittelt. Obwohl er sich selbst als „ein Wesen, das keine Liebe kennt“ bezeichnet, zeigt er gelegentlich eine weichere, verletzlichere Seite. Der Serienschöpfer Takashi Yanase hat erklärt, dass Baikinman insgeheim wünscht, ein normales Leben führen zu können, sich aber in der Schurkenrolle gefangen fühlt, die er von Geburt an spielen muss. Er ist zudem ein berüchtigter Vielfraß, und wenn er nicht gerade aktiv gegen seinen Erzfeind intrigiert, versucht er oft, anderen Essen zu stehlen.

In der Erzählung fungiert Baikinman als Agent des Chaos, der ständig Pläne schmiedet, um Keime zu verbreiten, Essen zu stehlen und die friedliche Harmonie der Welt zu zerstören. Seine Hauptmotivation ist die Niederlage und Vernichtung Anpanmans, aber er gibt sich auch mit kleineren Schandtaten, Mobbing und Diebstählen zufrieden. Ein wesentlicher Aspekt seines Charakters ist seine unglaubliche Widerstandsfähigkeit; egal wie oft er besiegt und von Anpanmans An-Punch davongeschleudert wird, gibt er nie auf und kehrt immer zurück, um einen neuen Plan zu schmieden. Seine Rolle ist so zentral für die Serie, dass er nie vollständig aus einer Geschichte verschwindet, und viele Handlungen werden aus seiner Perspektive erzählt.

Seine wichtigsten Beziehungen sind komplex und zentral für die Dynamik der Serie. Sein Hauptfeind ist natürlich Anpanman, ob es seltene Momente gibt, in denen er zögert oder sogar mit seinem Feind zusammenarbeitet, wie in einem Film von 2018, in dem er half, Anpanmans Leben zu retten. Sein engster Verbündeter ist Dokin-chan, seine weibliche Komplizin. Er hegt unerwiderte romantische Gefühle für sie und bemüht sich ständig, ihr zu gefallen, obwohl sie egoistisch ist, ihn herumkommandiert und unsterblich in den gutaussehenden Shokupanman verliebt ist. Er ist außerdem ein selbsternannter genialer Erfinder, und eine seiner bemerkenswertesten Fähigkeiten ist sein Talent für improvisierte Technik. Er kann schnell aufwendige und oft lächerliche Roboter, Mechas, UFOs und andere Geräte bauen, um seine Pläne auszuführen. Weitere wichtige Kreationen sind Franken Robo Kun, ein sanfter Roboter, der zu freundlich zum Kämpfen ist und für den Baikinman eine versteckte Zuneigung hegt. Baikinman besitzt einige bemerkenswerte Fähigkeiten und eine entscheidende Schwäche. Er kann seine insektenartigen Flügel zum Fliegen nutzen, obwohl er häufiger auf sein Baikin-UFO zurückgreift. Seine lange, ausfahrbare Zunge wird oft benutzt, um Opfer abzulecken oder Essen zu stehlen. Seine größte Verwundbarkeit ist Sauberkeit; der Kontakt mit Seife oder jeglicher Form von Desinfektion verursacht ihm immense Schmerzen und schrumpft ihn physisch auf die Größe eines Insekts. Im Laufe der Serie hat seine Darstellung einige Entwicklung erfahren. Während er ein Bösewicht bleibt, zeigen spätere Episoden gelegentlich, dass er moderatere Hygienepraktiken anwendet, wie Händewaschen, vermutlich um jungen Zuschauern ein besseres Beispiel zu geben. Seine anhaltende Beliebtheit hat ihn zu einer ikonischen Figur gemacht, deren Design sogar andere Personifikationen von Keimen und Viren in japanischen Medien beeinflusst hat.