Shirou Emiya ist ein Überlebender des Großbrandes, der Fuyuki City zehn Jahre vor den Hauptereignissen verwüstete, einer Katastrophe, die seine Eltern das Leben kostete und ihn tödlich verwundete. Er wurde von Kiritsugu Emiya aus den Flammen gerettet, der ein magisches Artefakt namens Avalon, das in ihn eingebettet war, nutzte, um sein Leben zu erhalten. Kiritsugu adoptierte ihn, enthüllte seine eigene Identität als Magier, und nach zwei Jahren beharrlicher Bitten von Shirou begann er, ihm Zauberkunst beizubringen. Die Unterweisung war grundlegend und unvollständig, was Shirou auf einen gefährlichen Weg mit dürftigen Ergebnissen brachte. Kiritsugu gab auch sein Ideal weiter, ein Held der Gerechtigkeit zu werden, der alle rettet, einen Traum, den Shirou als seinen eigenen annahm. Fünf Jahre später starb Kiritsugu und ließ Shirou allein und frustriert unter der Obhut seiner Nachbarin und Lehrerin Taiga Fujimura zurück, wobei ihre Großvater seine Ausgaben verwaltete. Shirou trägt eine tiefe Überlebensschuld als einziger Überlebender des Feuers, was zu einem zutiefst verzerrten Selbstwertgefühl führt. Er hält es für ungerecht, seine eigenen Bedürfnisse priorisieren, und findet nur Wert darin, anderen ohne Gegenleistung zu helfen, wobei er die Handlung selbst als alleinige Belohnung betrachtet. Er nimmt bereitwillig Verletzungen oder den Tod in Kauf, um jemandem ohne Zögern zu helfen. Dies äußert sich als selbstzerstörerische Sturheit, sobald er sich einem Ziel verschreibt, und er wird seine Ansichten verteidigen, selbst wenn sie anderen seelische Qualen bereiten. Sein Traum bleibt, ein Held der Gerechtigkeit zu werden, der alle rettet, egal zu welchem persönlichen Preis. Er traf Shinji Matou in der Mittelschule und schloss nach der Neuanfertigung eines Kulturfestschildes eine Freundschaft. Beim Eintritt in die Homurahara High School traf er Issei Ryuudou und wurde dafür bekannt, anderen bereitwillig zu helfen, beispielsweise durch die Reparatur von Schulausrüstung. Er trat dem Bogenschützenclub bei, zog sich aber nach einem Knochenbruch in seiner rechten Schulter aufgrund eines Nebenjobs zurück, der eine Brandnarbe hinterließ. Diese Verletzung verursachte eine Entfremdung von Shinji, die sich später stabilisierte, obwohl einige Spannungen bestehen blieben. Während seiner Genesung begann Sakura Matou sein Zuhause zu besuchen, um beim Kochen und Putzen zu helfen, was auch nach seiner Heilung weiterging und sie zu einem Teil seiner Ersatzfamilie machte. Im Heaven's Feel-Szenario durchläuft Shirou eine bedeutende Entwicklung, da er sich zwischen seinen Idealen und dem Schutz von Sakura Matou, mit der er eine romantische Beziehung eingeht, entscheiden muss. Letztendlich gibt er seine Ideale auf, um ihre Sicherheit zu gewährleisten. Nach dem Verlust seines linken Arms wird Archers Arm auf ihn transplantiert. Diese Transplantation gewährt Zugang zu Archers Fähigkeiten, aber unter großem Risiko, da die Nutzung seiner Kraft den Verfall seines Körpers und Geistes beschleunigt. Als Sakura von einem Schatten besessen wird und sich verwandelt, riskiert Shirou sich selbst, um sie zu retten. Er entsiegelt die Kraft von Archers transplantiertem Arm, um Waffen und Stärke zu replizieren, und besiegt verdorbene Feinde wie Berserker, obwohl er weiß, dass es ihn schließlich töten wird. Er verbündet sich mit Kirei Kotomine, Illyasviel von Einzbern und Rider, um Sakura aus dem Wahnsinn zu retten und den verdorbenen Heiligen Gral daran zu hindern, das Ende der Welt herbeizuführen. Er projiziert mächtige Waffen wie das Juwelenschwert Zelretch und verwendet Archers Rho Aias-Schild zusammen mit Riders Bellerophon, um seinen verdorbenen ehemaligen Diener, Saber Alter, zu besiegen. In den finalen Konfrontationen durchtrennt er Sakuras Verbindung zum Schatten mit einer Projektion von Casters Rule Breaker, nachdem sie durch Rins Eingreifen von Angra Mainyus Einfluss befreit wurde. Anschließend liefert er sich einen brutalen Faustkampf mit Kirei Kotomine, besiegt ihn, zögert jedoch, den Gral zu zerstören, aufgrund einer neu gefundenen Todesangst und dem Wunsch, sich mit Sakura wiederzuvereinigen. Illyasviel greift ein, enthüllt sich als seine adoptierte ältere Schwester und führt den Heaven's Feel-Ritual durch, um seine Seele von seinem sterbenden Körper zu trennen, den Gral zu zerstören und ihn zu retten. Seine Seele wird später mit Hilfe von Rin und Sakura in einen künstlichen Körper transplantiert, der von Touko Aozaki bereitgestellt wird, was ihm ermöglicht, seine Beziehung zu Sakura fortzusetzen und Frieden zu finden. In verschiedenen Erzählungen variieren Shirous romantische Beziehungen je nach Route, aber in Heaven's Feel wird sein Engagement für Sakura zum zentralen Fokus, was ihn dazu bringt, seine lebenslangen Ideale ihretwegen aufzugeben. Sein äußeres Erscheinungsbild umfasst kastanienbraunes Haar und goldbraune Augen, oft in lässiger Kleidung wie einem blau-weißen Baseballtrikot und Jeans oder seiner Homurahara Academy-Uniform. In Heaven's Feel gleicht sein Puppenkörper eng seinem ursprünglichen Aussehen, und er trägt ein Langarmhemd mit schwarren Hosen. Er ist geschickt in Hausarbeiten, insbesondere im Haushaltkochen mit einer Spezialität auf japanische Küche, und genießt japanischen Tee, schwarzen Tee und Kaffee, während er Pflaumen-Kelp-Tee nicht mag. Er verträgt Alkohol nicht gut und nimmt Nebenjobs an, um seine eigenen Ausgaben zu bezahlen, da er die Vorstellung nicht mag, ein Schmarotzer zu sein. Er meditiert in seinem Haushaltsdojo, um sich zu entspannen, und praktiziert Zauberkunst durch die Reparatur von Elektronik, wobei er stundenlang vertieft ist. Seine Fähigkeiten umfassen Projektionsmagie, die es ihm ermöglicht, Objekte zu erschaffen, indem er das Konzept der Schöpfung beurteilt, die Grundstruktur hypothetisiert, das Zusammensetzungsmaterial dupliziert, die Handwerkskunst seiner Herstellung imitiert, mit der Erfahrung seines Wachstums sympathisiert, die akkumulierten Jahre reproduziert und jeden Herstellungsprozess übertrifft. Diese Magie kann die Erinnerung eines Objekts aus der Zeit, als es im Kampf verwendet wurde, nachbilden. Er hat auch Caliburn, das Goldene Schwert des sicheren Sieges, und Avalon, Alles ist eine ferne Utopie, ein Verteidigungswerkzeug, das alle Materie blockieren kann, verwendet. Mit Archers Arm gewinnt er verbesserte Fähigkeiten auf Kosten seiner körperlichen Integrität. Shirous Reise spiegelt einen Übergang von einem starren Festhalten an Idealen, die er von seinem Adoptivvater gelernt hat, zu einem nuancierteren Verständnis persönlicher Verpflichtungen und Opfer wider, was besonders im Heaven's Feel-Narrativ evident ist, wo seine Hingabe zu Sakura zu seiner ultimativen körperlichen und emotionalen Transformation führt.