Makoto Nījima ist eine Schülerin im dritten Jahr und die Schulsprecherin der Shujin-Akademie. Sie lebt mit ihrer älteren Schwester Sae Nījima zusammen, einer Staatsanwältin. Intelligent, ehrlich und fleißig, besitzt Makoto ein starkes Verantwortungsgefühl und eine tief verwurzelte Arbeitsmoral. Sie wird von vielen ihrer Mitschüler zunächst als kalt und unnahbar wahrgenommen und gilt als Autoritätsperson, die die Misshandlungen durch den Lehrer Suguru Kamoshida ignorierte. Zu Beginn der Geschichte beauftragt der Schuldirektor sie damit, die Phantomdiebe der Herzen zu untersuchen, im Austausch für ein Empfehlungsschreiben für eine renommierte Universität. Sie beobachtet die Gruppe genau und entdeckt schließlich ihre Identitäten. Anstatt sie zu melden, macht sie einen Vorschlag: Sie wird ihr Geheimnis bewahren, wenn sie ihre Fähigkeiten nutzen, um das Herz eines Mafiabosses namens Junya Kaneshiro zu ändern, der Schüler ihrer Schule erpresst. Diese Entscheidung führt dazu, dass sie selbst von Kaneshiro erpresst wird und sie letztendlich zwingt, sich dem korrupten System zu stellen, das sie aufrechterhalten hat. Ihre Verzweiflung und aufgestaute Frustration lösen das Erwachen ihrer Persona, Johanna, aus, und sie schließt sich den Phantomdieben an, wobei sie den Codenamen Queen annimmt. Sie wird zur Stratege des Teams und bietet logische, ruhige Führung, wobei sie oft als Stimme der Vernunft fungiert. Ihre Hauptmotivation ist das Streben nach Gerechtigkeit, das durch den Tod ihres Vaters, die hohen Erwartungen ihrer Schwester und der Gesellschaft sowie ihren eigenen Wunsch, einen Ort zu finden, an dem sie wirklich dazugehört, geprägt ist. Sie kämpft mit dem Druck, ein vorbildlicher Schüler zu sein, und lernt, ihren eigenen Willen auszudrücken, anstatt einfach nur Befehlen zu folgen. Ihre Beziehung zu ihrer Schwester Sae ist eine bedeutende Quelle persönlicher Konflikte, da Sae zunächst die Ermittlungen gegen die Phantomdiebe unterstützt und ihren eigenen verzerrten Palast hat. Makoto ist entschlossen, Saes Herz zu ändern und sie vor ihrem eigenen fehlgeleiteten Gerechtigkeitssinn zu retten. Innerhalb der Phantomdiebe verbindet sie sich eng mit dem Anführer Ren Amamiya und verlässt sich auf ihn als vertrauenswürdigen Partner bei Entscheidungen. Sie hat eine kontrastierende Dynamik mit Ryuji Sakamoto, bei der ihre Rationalität seine Impulsivität ausgleicht. Mit Ann Takamaki entwickelt sie eine Freundschaft, die ihr hilft, Perspektiven jenseits der reinen Logik zu betrachten. Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Makoto von einer starren und gehorsamen Schülerin zu einer selbstbewussten Person, die für ihre eigenen Überzeugungen kämpft. Sie lernt, ihr starkes Pflichtgefühl mit ihren persönlichen Wünschen in Einklang zu bringen und ihre eigenen Bedürfnisse und das Wohlergehen ihrer Freunde zu priorisieren. Zu ihren bemerkenswerten Fähigkeiten gehört der Einsatz von Tekko-ähnlichen Waffen und Revolvern im Kampf. Ihre anfängliche Persona, Johanna, manifestiert sich als motorradähnliche Entität, die ihren rebellischen Geist und ihre Freiheit symbolisiert. Sie spezialisiert sich auf nukleare Elementarangriffe und Unterstützungsfähigkeiten, nutzt effektiv die Schwächen von Feinden aus und bietet Buffs und Heilung für ihre Gruppe. Ihre Persona entwickelt sich später zu Anat und schließlich zu Agnes, wobei jede Transformation ihre wachsende Entschlossenheit und persönliche Entwicklung widerspiegelt.