Geboren am 12. August 2084 in der Präfektur Kanagawa, Japan, besuchte Shinya Kogami die Kanagawa Higashi Mittelschule und schloss diese im März 2100 ab. Anschließend immatrikulierte er sich an der Nitto School of Social Sciences, wo er einen Abschluss in Sozialpsychologie und eine Lehrberechtigung im März 2104 erwarb. Während seines Studiums betrieb er Kickboxen und Wrestling als stressabbauende Hobbys. Im April 2104 trat er dem Öffentlichen Sicherheitsbüro bei, absolvierte die Ausbildung am Career Instruction Center bis September 2104 und wurde der Abteilung 03 der Kriminalermittlungsabteilung als Inspektor zugeteilt. Im Mai 2106 wechselte er in die Abteilung 01. Drei Jahre bevor Akane Tsunemori dem Büro beitrat, untersuchte Kogami den Specimen-Fall als Inspektor, der den Enforcer Mitsuru Sasayama überwachte. Sasayamas brutaler Mord führte zu einem starken Anstieg von Kogamis Crime Coefficient. Da er sich weigerte, sich behandeln zu lassen, entwickelte er eine Besessenheit für den Fall, was im April 2110 zu seiner Degradierung zum Enforcer führte. Dieses Ereignis prägte seine Enttäuschung über das Sibyl-System nachhaltig. Als Enforcer in Abteilung 01 mit der Bezeichnung „Hound 3“ entwickelte Kogami eine professionelle Beziehung zur neu eingestellten Inspektorin Akane Tsunemori. Trotz unterschiedlicher Herangehensweisen respektierten sie sich gegenseitig; Kogami erkannte Tsunemoris Hingabe zur Gerechtigkeit an und beschrieb sie später als „eine Frau, die Gesetz und Ordnung zutiefst liebt“. Ihre Partnerschaft beeinflusste seine Sicht auf die Ermittlungsarbeit. Kogami verfügte über scharfe ermittlerische Instinkte und analytische Fähigkeiten und setzte häufig unkonventionelle Methoden ein, die Kollegen beeindruckten. Zu seinen körperlichen Fähigkeiten gehörten Silat, Kickboxen und Wrestling. Während Ermittlungen bewahrte er eine ruhige, distanzierte Haltung, zeigte aber auch Sinn für Humor, insbesondere wenn er Tsunemori wegen eines Vorfalls neckte, bei dem sie ihn mit einem Dominator erschoss. Sein persönliches Motto betonte, „gnädig mit anderen, aber streng mit sich selbst“ zu sein. Nachdem er Shogo Makishimas Beteiligung an Sasayamas Tod entdeckte und Sibyl seine Verfolgung untersagte, verließ Kogami das Öffentliche Sicherheitsbüro im Februar 2113. Er verließ Japan und wurde Söldner in Südostasien. Bis Juli 2116 war er in Konflikte wie Shambala Float verwickelt, wo er unterdrückte Bevölkerungen gegen Kräfte wie Colonel Nicholas Wongs Armee unterstützte und militärische Kleidung wie olivgrüne Hemden, schusssichere Westen und Kampfstiefel trug. Im Januar 2118 trat Kogami dem Unterdrückungsaktionen-Referat des Außenministeriums als Sonderermittler (ID: 00542-AEDF-52510-4) bei. Nach seiner Rückkehr nach Japan versöhnte er sich mit ehemaligen Kollegen, darunter sein Jugendfreund Nobuchika Ginoza, den er in der Highschool vor Tyrannen beschützt hatte. Kogami besuchte die inhaftierte Tsunemori im Tokorozawa Correction Center und baute ihre professionelle Beziehung wieder auf. Später erhielt er den Auftrag, ihre Freilassung zu ermöglichen, was ihre fortgesetzte Zusammenarbeit trotz organisatorischer Unterschiede markierte. Prequel-Manga-Geschichten zeigen Kogamis frühere Karriere in Abteilung 03 unter Inspektor Yoshitoshi Waku, wo er neben Enforcern wie Tomomi Masaoka arbeitete. Diese Erzählungen beleuchten Fälle vor seiner Degradierung und zeigen seine Entwicklung als Ermittler Jahre vor dem Specimen-Fall. Kogami pflegte bedeutende Beziehungen. Seine Notfallkontaktperson war seine Mutter, Tomoyo Kogami, die in der Präfektur Kanagawa lebte. Neben seiner Bindung zu Tsunemori überdauerte seine Freundschaft mit Ginoza trotz Konflikten, die durch Kogamis rebellische Aktionen entstanden. Seine Mentorschaft unter Masaoka bot ihm Zuflucht während seiner Flucht aus Japan, was sich darin zeigte, dass Kogami einen Schlüssel an Masaokas Grab hinterließ.