Last Order ist der ultimative Klon, der für das Level-6-Shift-Projekt geschaffen wurde und speziell von der Terminierungsanordnung ausgenommen war, die 20.000 andere Klone betraf. Sie fungiert als Kommandozentrale und Administratorin des Misaka-Netzwerks, was ihr Autorität über alle Schwesternklone verleiht. Die Forscher bauten einen Sicherheitsmechanismus ein, der die externe Kontrolle des Netzwerks durch bestimmte Gehirnwellensignale ermöglicht, die auf sie gerichtet sind, was ihre dauerhaft kindliche Form zur leichteren Manipulation erfordert. Ihr Name leitet sich aus dem Szenario ab, in dem sie die Klone anweisen würde, sich abzuschalten. Physisch erscheint Last Order als 10-jährige Mikoto Misaka, komplett mit einer reaktiven Ahoge-Strähne. Zunächst trat sie in zerlumpter Behelfsbekleidung auf, übernahm später jedoch angemessene Kleidung: ein blau gepunktetes Kleid, einen weißen Mantel und Sandalen. Im Gegensatz zu ihren Schwestern entspricht ihre Augenfarbe der originalen Mikoto, und sie teilt Mikotos Sensibilität bezüglich ihrer Brustgröße. Persönlichkeitsmäßig zeigt Last Order deutlich größere emotionale Ausdrucksfähigkeit als ihre Klonschwestern. Sie kommuniziert einzigartig in der dritten Person und verwendet "Misaka" doppelt in ihrer Sprache. Ihr Verhalten ist verspielt und neugierig, was sich in Aktionen wie dem Schnappen von Misaka 10032s Schutzbrille zum Spielen oder dem Initiieren von Fangen-Spielen zeigt. Trotz dieser kindlichen Tendenzen beweist sie Wahrnehmungsfähigkeit, insbesondere indem sie die Theorie aufstellt, dass Accelerator niemals wirklich am Level-6-Shift-Projekt teilnehmen wollte und ihn somit von der Schuld an seinen Taten freispricht. Sie bewundert Kamijou Touma zutiefst dafür, dass er die Experimente stoppte und sie in kritischen Momenten beschützte. Sie zeigt auch fürsorgliche Züge, indem sie ihr Leben riskiert, um Fräulein Kreutune trotz unmittelbarer Gefahr zu retten. Ihre chronologische Entwicklung begann während des Three-Stories-Arc am 31. August, als sie sich an Accelerator wandte, um Hilfe bei der Suche nach Forschern für ihre Rückkehr in ihren Inkubator zu erhalten. Nach einem Zusammenbruch aufgrund körperlicher Schwäche wurde sie von Amai Ao entführt, der einen internen Virus aktivierte. Accelerator griff ein, löschte den Virus unter großem persönlichem Risiko und ermöglichte so ihre Rettung und Hospitalisierung unter der Obhut von Misaka 10032. Später kam sie unter die Vormundschaft von Yomikawa Aiho und Yoshikawa Kikyou. Im Tree-Diagram-Remnant-Arc kommunizierte Last Order mit Klonen über den möglichen Neustart des Experiments aufgrund der Existenz des Überrests und verheimlichte bewusst ihre Verbindung zu Accelerator. Sie überredete ihn später, den Überrest zu zerstören, was ihn zu seinem Gelübde veranlasste, "der Stärkste" für sie zu werden. Ihre Dynamik beinhaltet humorvolle Auseinandersetzungen, wie etwa ihre Deaktivierung seiner Sprache über das Netzwerk und seine Schein-Erdrosselungsversuche. Während des Academy-City-Invasion-Arc wurde Last Order von Kihara Amata gefangen genommen, der einen Virus implantierte, der das Misaka-Netzwerk korrumpierte und Kazakiri Hyouka für Aleister Crowleys Pläne ausnutzte. Accelerators Handlungen und Index' heilende Intervention sicherten ihre Rettung, obwohl die Organisation Group später ihre Sicherheit nutzte, um Accelerator zu rekrutieren. Nach ihrer Genesung im Krankenhaus von Heaven Canceller wurde sie während des Battle-Royale-Arc entlassen. Auf der Suche nach Accelerator traf sie auf Uiharu Kazari von Judgment, nachdem sie ein Taxi verlassen hatte. Uiharu schenkte ihr eine Hibiskusblüte zur Ermutigung. Last Order spürte Accelerators Nähe, konnte ihn jedoch nicht finden, bevor er in den Schuldistrikt 23 aufbrach. Ihre entscheidende Rolle als Netzwerkadministratorin zeigt sich in Krisensituationen. Als Kakine Teitoku Aiho Yomikawa erstach und damit Accelerators Berserker-Zustand in Form schwarzer Flügel auslöste, griff Last Order ein, um ihn zu besänftigen, und demonstrierte damit ihren einzigartigen Einfluss auf seine emotionale Stabilität.