Last Order, als Misaka-Klon 20001 bezeichnet, dient als Befehlszentrale und Administratorin des Misaka-Netzwerks. Sie entstand als letzter Klon des Level-6-Shift-Projekts, dessen Entwicklung absichtlich gestoppt wurde, um sie einer 10-jährigen Version von Mikoto Misaka ähneln zu lassen, was die Kontrolle durch die Forscher erleichterte. Im Gegensatz zu den 20.000 Klonen, die von Accelerator eliminiert werden sollten, entging sie diesem Schicksal. Ihr Aussehen spiegelt die Augen der originalen Mikoto wider und weist einen markanten, reaktiven Ahoge auf. Anfangs nur in eine zerlumpte Decke gehüllt, trug sie später ein blau gepunktetes Kleid, einen weißen Mantel und Sandalen. Als Notfallmechanismus des Netzwerks ermöglicht Last Order den Forschern, Gehirnwellensignale zur externen Steuerung zu senden, falls die Klone unkontrollierbar werden. Ihr Name leitet sich von ihrer programmierten Fähigkeit ab, einen netzwerkweiten Shutdown-Befehl auszulösen. Sie behält alle Klonerinnerungen über das Netzwerk und erlebte Ereignisse wie Accelerators Beteiligung am Level-6-Shift-Projekt aus erster Hand. Persönlichkeitsmäßig zeigt Last Order einzigartige Emotionen unter den Klonen – verspielt, neugierig und aufmerksam. Sie spricht in der dritten Person und wiederholt "Misaka" zweimal pro Satz. Ihr Verhalten umfasst das Stehlen von Misaka 10032s Schutzbrille oder das Initiieren von Fangspielen. Sie zeigt Fürsorge durch Handlungen wie ihr Leben zu riskieren, um Fräulein Kreutune zu retten. Ihre Wahrnehmungsfähigkeit lässt sie Theorien über Accelerators Widerwillen in den Experimenten entwickeln, was sie dazu bringt, ihm die Schuld freizusprechen. Sie bewundert Kamijou Touma dafür, dass er die Experimente stoppte und sie beschützte. Ihre Chronologie beginnt am 31. August, als sie Accelerator um Hilfe bittet, um Forscher zu kontaktieren, nachdem sie vorzeitig aus der Inkubation entlassen wurde. Er ignoriert sie zunächst, gibt aber nach, als er ihre Verletzlichkeit sieht, und lässt sie in seiner Wohnung bleiben. In einem Familienrestaurant bricht sie aufgrund physiologischer Instabilität zusammen und wird vom Forscher Amai Ao entführt, der einen Netzwerk-korruptierenden Virus implantiert, der am 1. September um Mitternacht wahllose Angriffe auf Menschen auslösen soll. Accelerator löscht den Virus, erleidet jedoch eine schwere Kopfverletzung während des Konflikts. Während ihrer Genesung unter medizinischer Betreuung mit Misaka 10032 als Begleiterin zieht Last Order später bei Accelerator und den Betreuern Yomikawa Aiho und Yoshikawa Kikyou ein. Während der Academy-City-Invasions-Arc wird sie von Kihara Amata gefangen genommen, um das Netzwerk erneut zu korrumpieren, doch Accelerator und Index retten sie. Die paramilitärische Gruppe nutzt später ihre Sicherheit, um Accelerator zu rekrutieren. In späteren Ereignissen verlässt sie vorzeitig das Krankenhaus, um nach Accelerator zu suchen. Sie trifft auf Uiharu Kazari von Judgment, die ihr kurzzeitig hilft. Last Order zeigt die Fähigkeit, Accelerators ungefähren Standort über das Netzwerk zu spüren, und entgeht Anti-Skill, während sie sich an öffentlichen Orten wie Cafés ausruht. Sie taucht während Konflikten mit Accelerator wieder auf, wie seinem Kampf gegen Kakine Teitoku, wo ihre Sicherheit indirekt seine Handlungen beeinflusst. Ihre Beziehungen prägen ihre Entwicklung. Sie teilt eine familiäre Bindung mit Accelerator, der sich trotz anfänglicher Feindseligkeit zu ihrem Beschützer entwickelt. Enge Bindungen zu Yomikawa Aiho, Yoshikawa Kikyou und Misaka 10032 spiegeln ihre Integration in ein nicht-experimentelles Leben wider. Ihre Netzwerkverbindung bleibt bestehen und ermöglicht die Koordination mit anderen Klonen während Krisen wie dem Tree-Diagram-Remnant-Vorfall, wo sie heimlich Accelerators Hilfe anfordert, um das Gerät zu zerstören.