Fleur-de-lis, bekannt als Lysandre, führt Team Flare und besitzt Lysandre Labs, den Schöpfer des Holo Casters. Seine Vision konzentriert sich auf die Schaffung einer schönen Welt, die durch Manipulation und ethisch fragwürdige Forschung verfolgt wird. Er traf Alain erstmals während dessen Suche nach einem Ampharit in alten Ruinen. Lysandre forderte ihn zum Kampf um den Stein heraus und besiegte Alains Glumanda mit seinem Pyroar. Nach dem Sieg lud er Alain zu Lysandre Labs ein und enthüllte ein Projekt zur Ernte von Mega-Entwicklungs-Energie für angeblich friedliche Zwecke. Er übergab Alain einen Mega-Ring und Glurakxit X und verlangte Verschwiegenheit gegenüber Professor Platane, um dessen Ruf angeblich vor möglichem Missbrauch der Forschung zu schützen. Lysandre leitete Alains Missionen in verschiedenen Regionen und kontaktierte ihn per Holo Caster, um Mega-Steine zu finden und Kämpfe zu beobachten, darunter Alains Mega-Glurak X gegen Siebolds Mega-Turtok. Später griff er in Alains Kampf gegen Steven Stone in Hoenn ein und beendete den Konflikt mit seinem Pyroar. Anschließend organisierte er eine gemeinsame Expedition mit Alain, Steven und Mairin, um eine Ruine mit einem uralten Megalithen zu untersuchen. Dabei wurde versehentlich Rayquaza beschworen, das sich mega-entwickelte und die Gegend verwüstete. Lysandre befahl Alain dann, ein Mega-Entwicklungs-Energiesignal in der Nähe von Metarost City zu untersuchen, während er heimlich anwies, Steven wegen dessen wertvollem Mega-Entwicklungs-Wissen zu überwachen. Später beaufsichtigte Lysandre Alains Kämpfe gegen zehn Mega-Entwicklungs-Trainer und nutzte die Daten für seine Megalith-Forschung. Als Mairins Chelast nach Eingriffen in Experimente mit einem Zygarde-Kern hospitalisiert wurde, teilte Lysandre Alain mit, dass weitere Datensammlung zur Mega-Entwicklung für Chelasts Genesung entscheidend sei, wodurch er Alain weiter an seine Agenda band. Lysandre arbeitete mit Team-Flare-Wissenschaftler Xerosic zusammen, um Squishy, einen weiteren Zygarde-Kern, zu erforschen, und überwachte später die Gefangennahme von Z2 am Prism Tower. Während der Konfrontation am Prism Tower kämpften sein Pyroar und Mega-Garados gegen Ash und Alain; Pyroar setzte Attacken wie Hyperstrahl und Einäschern ein, bevor es besiegt wurde. Zu seinen bekannten Pokémon gehören ein männliches Pyroar, das gegen Alain und am Prism Tower eingesetzt wurde, und ein Garados, das sich mega-entwickeln kann. Anders als in der Spielwelt traf Lysandre Professor Platane erst während der Ereignisse von Mega Evolution Special IV, nicht als ehemaliger Schüler und Mentor.