Fuuka Yamagishi, eine zurückhaltende und schüchterne Schülerin im zweiten Jahr der Gekkoukan High School, wurde während der Dark Hour im Schulgebäude eingesperrt, nachdem sie von Natsuki Moriyama und ihren Mitläuferinnen im Schul-Gymnasium eingeschlossen worden war. Während dieses Vorfalls wurde sie vom Specialized Extracurricular Execution Squad gerettet, erwachte zu ihrem Persona Lucia und trat der Gruppe bei, wo sie Mitsuru Kirijo als Hauptnavigatorin ersetzte.
Ihr schüchternes Wesen machte sie zunächst zum Ziel von Mobbing, doch Fuuka bewahrte sich eine gutherzige und vergebungsbereite Art. Sie hegte keinen Groll gegen Natsuki nach einer aufrichtigen Entschuldigung, und die beiden wurden schließlich enge Freundinnen, wobei Natsuki darum bat, sie mit Vornamen anzusprechen. Hochintelligent und technisch versiert, nutzte Fuuka oft ihren Laptop im Wohnheim und zeigte dabei beeindruckende Hackerfähigkeiten. Diese Fähigkeiten ermöglichten es ihr, auf gesperrte Kirijo-Group-Archive zuzugreifen und gelöschte Dateien wiederherzustellen, darunter die letzte Nachricht von Yukari Takebas Vater. Ihre Interessen konzentrierten sich auf Hard-Science-Fiction mit plausiblen Zukunftszenarien, während sie fantastische Elemente wie Zeitreisen oder Magie mied.
Aus einer Familie von Medizinern zu stammen, obwohl ihre Eltern keine Ärzte waren, übte Druck auf schulische Höchstleistungen aus. Dies trug zu Fuukas Minderwertigkeitskomplex und angespanntem Familienleben bei, weshalb sie das Wohnheim vorzog, wo sie sich für das Team nützlich fühlte. Dieses Bedürfnis, nützlich zu sein, trieb sie manchmal dazu, übermäßige Verantwortung zu übernehmen, wie etwa darauf zu bestehen, den Hermit-Shadow während einer kritischen Mission persönlich zu finden. Sie hegte tiefen Groll gegen die Dark Hour und lehnte jede vermeintliche Bedeutung während einer Begegnung mit Takaya Sakaki explizit ab.
Fuuka hatte Schwierigkeiten mit dem Kochen und produzierte schlecht aufgenommene Mahlzeiten, die sogar Koromaru erschreckten. Sie betrachtete Kochen als Versuch, ihre technischen Interessen auszugleichen, die sie als unweiblich empfand. Durch die Hilfe von Shinjiro Aragaki in sozialen Verknüpfungen verbesserte sie sich allmählich, wenn auch unbeständig. Sie bewunderte die Koch- und Führungsfähigkeiten der weiblichen Protagonistin, ohne romantische Gefühle zu entwickeln.
Shinjiro Aragakis Tod im Oktober stürzte Fuuka in tiefe Schuldgefühle, da sie glaubte, ihrem Bauchgefühl über sein verdächtiges Verhalten in jener Nacht hätte vertrauen sollen. Strega