Junpei Iori ist ein Schüler im zweiten Jahr der Gekkoukan High und Mitglied des Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). Er pflegt eine alberne, perverse und lebensfrohe Klassenclown-Persönlichkeit, wobei er häufig erfolglose Flirtversuche unternimmt. Dieses Verhalten verbirgt tiefe Unsicherheiten und Minderwertigkeitsgefühle, die in seiner empfundenen Ziellosigkeit außerhalb des Kampfes und seiner Abneigung gegenüber seinem alkoholkranken Vater wurzeln. Seine anfängliche Motivation, SEES beizutreten, entspringt einem egoistischen Wunsch nach heldenhafter Anerkennung, was seine Eifersucht auf die Führungsqualitäten und Fähigkeiten des Protagonisten schürt – eine Eifersucht, die sich manchmal in sexistischen Bemerkungen äußert, die er als unbeabsichtigt bezeichnet. Seine Leichtsinnigkeit und schlechten schulischen Leistungen bringen ihm den Spitznamen "Stupei" von Yukari Takeba ein, den sie jedoch seltener verwendet, als er reifer wird. Während des Kampfes gegen den Schatten-Arkan Hanged Man in *Persona 3 The Movie: #3 Falling Down* wird Junpei von Chidori Yoshino, einem Mitglied der antagonistischen Gruppe Strega, entführt. Nach seiner Rettung durch SEES entwickelt er echte Gefühle für Chidori, während sie in Gefangenschaft ist, und gesteht ihr seine Ängste vor Wertlosigkeit. Ihre Beziehung vertieft sich trotz des Konflikts zwischen SEES und Strega. Als die Strega-Mitglieder Takaya und Jin Chidori manipulieren, das Krankenhaus zu verlassen, stellt Junpei sie allein in Tartarus. In einem emotionalen Austausch drückt er seine Angst aus, sie zu verlieren, und gesteht seine eigene Todesangst, was eine seltene Verletzlichkeit offenbart. Takaya, der Chidoris vermeintliche Schwäche kritisiert, schießt auf Junpei und verletzt ihn tödlich. Chidori opfert ihre Lebenskraft, um ihn wiederzubeleben, und verschmilzt sein Persona Hermes mit ihrer Medea zu Trismegistus. Ihre letzten Worte bekunden ihre Liebe. Zutiefst erschüttert entdeckt Junpei später ihr Skizzenbuch, das mit Zeichnungen von ihm gefüllt ist, was seinen Entschluss stärkt, ihr Opfer zu ehren, indem er mit neuer Reife an der Seite von SEES kämpft. Nach diesen Ereignissen zeigt Junpei deutliches Wachstum. Er wechselt von der Suche nach Anerkennung dazu, seinen Sinn im Schutz anderer zu finden, was in seiner späteren Rolle als Little-League-Baseball-Trainer (*Persona 4 Arena Ultimax*) deutlich wird. Chidoris Opfer verändert grundlegend seine Einstellung, ermöglicht es ihm, mit den Problemen seines Vaters mitzufühlen und Verantwortung ohne Groll zu übernehmen. Diese Entwicklung spiegelt sich in seiner ruhigeren Art und seiner Rolle als Stimme der Vernunft während SEES-Konflikten wider, wie etwa wenn er in *Persona 3 FES: The Answer* dafür plädiert, die Realität trotz persönlichen Verlusts zu akzeptieren. Optisch hat Junpei dunkle Haare, einen Kinnbart und trägt konsequent eine markante Baseballkappe vorwärts oder rückwärts. Sein Outfit in *Falling Down* ist die modifizierte Gekkoukan-High-Uniform, die von SEES getragen wird. Nach Chidoris Tod trägt er ein Dolch-Design-Halskettchen, ihr Geschenk, das ihre Verbindung symbolisiert.