Junpei Iori besucht die Gekkoukan High School und schließt sich dem Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) hauptsächlich an, um seinem schwierigen Familienleben zu entfliehen, das von einem alkoholkranken Vater dominiert wird, den er verachtet. Seine anfänglichen Motive sind eher egozentrisch geprägt, getrieben von einem Verlangen nach Anerkennung und heldenhaftem Status, was ihn von seinen altruistischeren Teamkameraden abhebt. Dieses Verlangen führt zu Leichtsinn im Kampf und verursacht zwischenmenschliche Spannungen, insbesondere Neid gegenüber dem Anführer des Teams aufgrund deren überlegener Kampffähigkeiten und Autorität. Persönlichkeitsmäßig verbirgt Junpei tiefsitzende Unsicherheiten über seine Intelligenz und seinen Selbstwert hinter einer Klassenclown-Fassade, die durch alberne Streiche, Flirtereien und impulsive Handlungen gekennzeichnet ist. Die Vernachlässigung seiner schulischen Pflichten zugunsten von SEES-Aufgaben führt zu schlechten Prüfungsergebnissen, obwohl er allmählich reift, seine Lerngewohnheiten verbessert und Verantwortung ernster nimmt. Seine Dynamik mit Yukari Takeba ist von häufigem Gezänk geprägt, das durch ihren spöttischen Spitznamen "Stupei" hervorgehoben wird, der auf seine schlechten Entscheidungen anspielt; diese kontroverse Beziehung mildert sich, als sich gegenseitiger Respekt entwickelt. Im Kampf führt Junpei ein zweihändiges Schwert wie einen Baseballschläger und beschwört die Persona Hermes, die sich auf physische Angriffe und feuerbasierte Fähigkeiten spezialisiert. Seine Entwicklung beschleunigt sich dramatisch durch seine Beziehung zu Chidori Yoshino, einem Mitglied der antagonistischen Gruppe Strega. Nachdem Chidori ihr Leben opfert, um Junpei davor zu bewahren, von ihrem Verbündeten Takaya erschossen zu werden, verschmilzt Hermes mit ihrer Persona Medea. Diese Fusion bringt seine ultimative Persona, Trismegistus, hervor und verleiht ihm passive regenerative Fähigkeiten. Chidoris Tod beeinflusst ihn tiefgreifend, fördert bedeutende emotionale Reife und den Entschluss, ihr Andenken zu ehren, indem er versucht, ein besserer Mensch zu werden. In *Persona 3 The Movie: #2 Midsummer Knight's Dream* beteiligt sich Junpei an SEES-Operationen gegen Shadows während der Vollmondphasen und begleitet die Gruppe auf ihrem Sommerausflug nach Yakushima. Dort zeigt er unbeschwertes Verhalten, wie Kommentare zu den Badeoutfits weiblicher Charaktere. Der Film bietet nur minimale Entwicklung für seinen persönlichen Handlungsstrang jenseits dieser oberflächlichen Interaktionen, obwohl er Unsicherheit über seinen Zweck äußert, sollte die Dark Hour ausgelöscht werden – eine Sorge, die andere SEES-Mitglieder teilen, die jedoch nicht vertieft wird. Über die Haupthandlung hinaus taucht Junpei in späteren Medien als 19-jähriges Reservemitglied der Shadow Operatives wieder auf. Er arbeitet als Little-League-Baseball-Trainer und behält seine Persona-Fähigkeiten, wobei er im Kampf einen Baseballschläger und Trismegistus einsetzt, wie in *Persona 4 Arena Ultimax*. Er trägt ein dolchförmiges Halsband, das ihm von Chidori geschenkt wurde und seine anhaltende Verbindung zu ihr symbolisiert. Sein visuelles Design entwickelt sich über seine Auftritte hinweg, einschließlich aktualisierter Kampfausrüstung in *Persona 3 Reload* und lässiger Outfits, die seine Vorliebe für Baseball widerspiegeln. Junpeis Charakterentwicklung endet damit, dass er durch das Coaching Stabilität und Sinn findet und damit einen vollständigen Wandel von seiner anfänglichen Ziellosigkeit und Unsicherheit hin zu einem gefestigten, mitfühlenden Erwachsenenleben vollzieht.