Pharos ist eine mysteriöse Entität, die ausschließlich vor dem Protagonisten Makoto Yuki erscheint und stets in der Gestalt eines jungen Jungen auftritt. Sein Hintergrund bleibt im Film weitgehend unerklärt, doch seine Existenz ist untrennbar mit Makotos Reise verbunden. Er materialisiert sich erstmals im Iwatodai-Wohnheim und zwingt Makoto, einen symbolischen Vertrag zu unterzeichnen, in dem er sich verpflichtet, die volle Verantwortung für seine Handlungen zu übernehmen. Dieser Vertrag begründet eine wiederkehrende Verbindung zwischen ihnen. Pharos erscheint Makoto häufig unerwartet und übermittelt oft rätselhafte Warnungen vor drohenden Gefahren oder Prüfungen. Er vertritt eine zynische Weltsicht und rät Makoto ausdrücklich davon ab, emotionale Bindungen zu anderen einzugehen. Pharos behauptet, dass Freundschaften unweigerlich zu Schmerz und Herzleid führen, und plädiert stattdessen für emotionale Distanz und Isolation. Diese Perspektive stellt eine direkte Herausforderung für Makotos wachsende Beziehungen zu den Mitgliedern von SEES dar. Seine Interaktionen kündigen stets bedeutende Ereignisse oder Herausforderungen an, denen Makoto sich stellen muss. Während der Film seine Herkunft, Motive oder wahre Natur nicht explizit erläutert, wird seine Präsenz als grundlegend mit Makotos Erlebnissen und dem übergreifenden Konflikt rund um die Dark Hour und die Shadows verknüpft dargestellt. Pharos fungiert vor allem als narratives Mittel, das existenzielle Zweifel und die emotionalen Risiken menschlicher Verbindungen verkörpert – im Kontrast zu den Bindungen, die Makoto im Laufe der Geschichte eingeht.