Shinjiro Aragaki, ein Schüler des dritten Jahres an der Gekkoukan High, besucht selten den Unterricht. Gemeinsam mit Akihiko Sanada und Mitsuru Kirijo gründete er in der Mittelschule das Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). Shinjiro und Akihiko verbindet eine tiefe Freundschaft, die in ihrer Kindheit im selben Waisenhaus entstand, wo sie einen Brand überlebten, bei dem Akihikos Schwester Miki ums Leben kam.
Zwei Jahre vor den Hauptereignissen geriet Shinjiros Persona Castor während eines Einsatzes außer Kontrolle und tötete versehentlich Ken Amadas Mutter. Von Schuldgefühlen geplagt, distanzierte er sich von SEES. Er begann, Persona-Unterdrückungsmittel der antagonistischen Gruppe Strega einzunehmen, die seine Körpertemperaturregulierung beeinträchtigten – was seinen ständigen maroonfarbenen Peacoat und seine Beanie erklärt – und seine Gesundheit allmählich zerstörten.
Als er von Kens Mitgliedschaft bei SEES erfährt, schließt sich Shinjiro der Gruppe wieder an, wohl wissend, dass Ken Rache sucht, und ist bereit, die Konsequenzen zu tragen. Im Kampf verlässt er sich auf rohe Kraft und führt eine schwere Axt. Sein Persona Castor spezialisiert sich auf mächtige physische Angriffe wie Power Charge, Deathbound und God’s Hand. Obwohl er äußerlich barsch, distanziert und oft als rüpelhaft oder einschüchternd wahrgenommen wird, verbirgt Shinjiro eine sanftere Seite. Er zeigt eine echte Liebe zu Hunden, verwöhnt Koromaru mit Leckerlis und besonderen Mahlzeiten, und ist ein leidenschaftlicher Koch, der gerne von Kochshows lernt.
Während der Oktober-Vollmond-Mission konfrontiert Shinjiro Ken am Ort des Todes seiner Mutter, mit der Absicht, sich dem Rachedes Jungen zu stellen, und warnt ihn, dass Hass einen ähnlichen Weg ebnen könnte. Ihre Auseinandersetzung wird von Strega-Mitglied Takaya Sakaki unterbrochen, der auf Ken schießt. Shinjiro opfert sich selbst und fängt die Kugel ab. Er erliegt seinen Verletzungen kurz nachdem SEES eintrifft. Mit seinen letzten Worten fordert er Ken auf, ein erfülltes Leben zu führen, und bittet Akihiko, sich um ihn zu kümmern. Sein Tod bewirkt Kens Vergebung und stärkt Akihikos Entschlossenheit.
Shinjiros Persona Castor symbolisiert seine tragische Verbindung zu Akihiko (dessen Persona der mythologische Zwilling Polydeuces ist). Castors Instabilität rührt von Shinjiros ungelösten Schuldgefühlen und Selbsthass her; seine Berserker-Ausbrüche spiegeln sein Scheitern wider, sein Schatten-Ich vollständig zu akzeptieren, was durch seine unterdrückten Emotionen und die Unterdrückungsmittel nach dem Unfall verschlimmert wurde.
In Spin-off-Medien wie *Persona Q* und *Persona Q2* behält Shinjiro seine zurückhaltende Persönlichkeit bei, zeigt aber eine competitive Ader, besonders gegenüber Akihiko. In *Persona 3 Portable* kann die weibliche Hauptfigur eine Social Link (Mond-Arkana) mit ihm aufbauen, die seine beschützende Natur und Bereitschaft, andere zu mentorieren, offenbart. Seine Linked Episodes in *Persona 3 Reload* ermöglichen tiefere Interaktionen, einschließlich Koch- und Gartenaktivitäten im Wohnheim.
Shinjiros Vermächtnis bleibt bestehen, als SEES-Mitglieder seine Stimme hören, die sie im finalen Kampf antreibt. Sein Opfer bleibt ein entscheidender Moment der Erlösung, der die Themen Verantwortung und die Auswirkungen vergangener Traumata auf die Selbstakzeptanz betont.