Shūji Ikutsuki fungiert als Vorsitzender des Schulvorstands der Gekkoukan High School und offizieller Berater des Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES), der während der Dark Hour gegen Shadows kämpft. Er präsentiert eine höfliche, kultivierte Fassade, macht häufig unlustige Wortspiele und Witze und bewahrt dabei eine freundliche, aber distanzierte Haltung, die eine echte Verbindung zu den SEES-Mitgliedern verhindert. Obwohl er kein Persona besitzt, bewegt er sich in der Dark Hour und dient als Hauptinformationsquelle der Gruppe, indem er strategische Anleitungen zu Shadows und Tartarus gibt. Ikutsuki ist stark in die Schattenexperimente der Kirijo-Gruppe involviert. Als Partner von Kouetsu Kirijo, dem Großvater von Mitsuru Kirijo, unterstützte er aktiv die Herbeiführung von „The Fall“, einem apokalyptischen Ereignis, bei dem Nyx die Menschheit auslöschen würde. Zehn Jahre vor den Hauptereignissen organisierte er unethische Experimente, um künstliche Persona-Nutzer zu erschaffen, entführte über 100 Kinder und unterzog sie qualvollen Prozeduren. Nur drei Probanden überlebten und bildeten später Strega; die anderen starben oder erlitten verkürzte Lebensspannen und schwere psychische Traumata. Ikutsuki manipulierte auch Beweise, insbesondere ein Video von Yukari Takebas Vater, um SEES in dem Glauben zu wiegen, die Zerstörung der zwölf Arcana Shadows würde die Dark Hour beenden. Seine Manipulation treibt SEES dazu, die Arcana Shadows zu eliminieren, die unwissentlich zum dreizehnten Arcana, dem Tod, verschmelzen und Nyx beschwören. Nach der Niederlage des letzten Shadows verrät Ikutsuki die Gruppe. Er programmiert den Androiden Aigis um, um SEES-Mitglieder auf Tartarus zu opfern, und nimmt Takeharu Kirijo gefangen. Als Aigis aufgrund ihrer Bindung zum Protagonisten widersteht, bezeichnet er sie als „defekte Maschine“. Er schießt auf Takeharu während des Konflikts, erleidet dabei jedoch eine tödliche Wunde. Nachdem Koromaru seine Fernbedienung für Aigis entschärft, stürzt sich Ikutsuki von Tartarus und begeht Selbstmord, während er sein gescheitertes Vorhaben beklagt, eine postapokalyptische Welt zu beherrschen. Ikutsukis Einfluss reicht über seinen Tod hinaus. Seine Vergangenheit wird weiter aufgedeckt und zeigt, dass er Sho Minazuki als Kind adoptierte und als Versuchsobjekt missbrauchte, indem er ihm eine „Plume of Dusk“ implantierte, um ein Persona auszulösen. Dieses Experiment spaltete Sho in eine Hauptpersönlichkeit und das aggressive Alter Ego „Minazuki“. Nachdem Minazuki versucht hatte, Ikutsuki für die Gefährdung von Sho zu töten, versuchte Ikutsuki, Minazuki zu löschen, was Shos Koma auslöste. Ikutsuki ließ Sho daraufhin in einem Krankenhaus zurück und finanzierte seine unbegrenzte medizinische Versorgung. Sho erschafft später Illusionen von Ikutsuki, um ehemalige SEES-Mitglieder zu quälen, und imitiert dessen Vorliebe für Wortspiele. Ikutsukis nihilistische Weltanschauung entsprang seiner Einsamkeit und einer pervertierten Akzeptanz des Todes als Erlösung. Er strebte die globale Vernichtung nicht aus Erlösungsgründen wie Strega an, sondern um ein gottgleicher Herrscher einer neuen Welt zu werden. Dieses Ambition stand in starkem Kontrast zu seinem harmlosen öffentlichen Image, das sich als kalkulierte Fassade entpuppte.