Harlock ist der jüngste Nachkomme einer Linie von Luftkriegern. Seine Vorfahren sind Phantom F. Harlock I., ein Entdecker des frühen 20. Jahrhunderts, der versuchte, die Owen-Stanley-Berge in Neuguinea zu überfliegen, und Phantom F. Harlock II., ein deutscher Luftwaffenpilot während des Zweiten Weltkriegs. Letzterer schloss ein entscheidendes Bündnis mit dem japanischen Ingenieur Toshiro Oyama, indem er ihm zur Flucht in die Schweiz verhalf, was in einem Bluteid ewiger Freundschaft zwischen ihren Familien gipfelte. Dieser Pakt beeinflusst Harlocks Schicksal direkt. Als er im späten 30. Jahrhundert als Offizier der Solarföderation zur Erde zurückkehrt, findet er seine Heimatwelt vom Illumidus-Imperium und ihren tokarganischen Verbündeten erobert vor. Die unterdrückte Menschheit gibt Verteidigern wie Harlock größtenteils die Schuld daran, die Invasion nicht verhindert zu haben. Inmitten dieser Unterdrückung sucht er nach Maya, seiner Geliebten, die als „Die Stimme des freien Arcadia“ heimlich Botschaften der Hoffnung sendet und damit zum Symbol des Widerstands wird. Während eines Gefechts mit tokarganischen Truppen erleidet Harlock eine Schusswunde im Gesicht und verliert sein linkes Auge – eine Verletzung, die zu seinem Markenzeichen wird. Harlock trifft auf Tochiro Ōyama, den Nachkommen Toshiros, der ihm enthüllt, dass er heimlich das Raumschiff *Arcadia* als Tribut an die väterliche Freundschaft und als Verkörperung der Freiheit konstruiert hat. Er verbündet sich erneut mit der Raumpiratenschiffkapitänin Emeraldas, einer alten Verbündeten, die sich trotz anfänglicher Neutralität seinem Aufstand anschließt. In der folgenden Schlacht opfern sich tokarganische Verbündete, um die *Arcadia* vor dem kosmischen Flammenstrom-Prominenz zu schützen, einer Analogie zur „Owen-Stanley-Hexe“ aus der Prüfung seines Vorfahren. Maya wird während des Aufstands getötet. Obwohl Harlock den Illumidus-Kommandanten Zeda besiegt, verbannt ihn Triter, der kollaborierende Führer der Erde, gemeinsam mit seinen Verbündeten. Da er eine Erde ablehnt, die Unterwerfung über Freiheit stellt, nimmt Harlock die Identität eines Weltraumpiraten an und hisst die Totenkopfflagge als Zeichen des Widerstands. Er verlässt die Erde an Bord der *Arcadia* mit Tochiro, Emeraldas und einer Crew von Idealisten und schwört, nach seinem Kodex zu leben: „Ich lebe in Freiheit unter meiner Flagge.“ Diese Wandlung festigt sein archetypisches Image als stoischer, ehrenvoller Einzelgänger, der nur für seine Überzeugungen kämpft. Die Zahl 42, die häufig auf seiner Kleidung zu sehen ist, verweist auf die japanische kulturelle Symbolik für Tod („shini“) und unterstreicht seine fatalistische Weltanschauung. Spätere Medienadaptionen setzen seine Exilgeschichte fort, wie *Endless Orbit SSX* (1982), das die Suche der *Arcadia* nach einem kosmischen Refugium darstellt. Alternative Kontinuitäten wie *Harlock Saga* (1999) zeigen seine Jugend während der Eroberung der Erde durch gottähnliche Wesen, wobei sein Kernethos erhalten bleibt. Der Film *Space Pirate Captain Harlock* (2013) stellt seinen Aufstand gegen eine verfallende Erde neu dar, während der Manga *Captain Harlock: Dimensional Voyage* (2014) Elemente mehrerer Werke von Leiji Matsumoto vereint, wobei der Ursprung aus *Arcadia of My Youth* grundlegend für seine Identität bleibt.