Geboren als Miyagawa Katsugorō 1834 in einer Bauernfamilie aus der Provinz Musashi, wurde Isami Kondō von Tennen Rishin-ryūs drittem Meister, Kondō Shūsuke, adoptiert. Er nahm den Namen Kondō Isami an, als er 1861 vierter Stiloberhaupt wurde und die Leitung des Shieikan-Dojos in Edo übernahm. Seine Heirat mit Matsui Tsune 1860 verband ihn über deren Vater, der Vasall der Shimizu-Tokugawa-Familie war, mit diesem Clan. 1862 zeugte er eine Tochter, Tama, und später eine uneheliche Tochter, Oyu, mit einer Geisha aus Kyoto während seiner Zeit bei den Shinsengumi. Kondō war 1863 Mitbegründer der Shinsengumi, die sich aus den Rōshigumi und Mibu Rōshigumi zusammen mit Figuren wie Hijikata Toshizō entwickelten. Als Kommandant führte er mit Wärme und Charisma, förderte tiefe Loyalität und behandelte seine Männer wie Familie. Seine Güte und Schutzbereitschaft erstreckte sich sogar auf Außenstehende wie Chizuru Yukimura, der er trotz Sicherheitsrisiken bei der Suche nach ihrem Vater half. Sein vertrauensvoller Charakter schätzte Redemption und sah das Gute in anderen, was gelegentlich Hijikatas Warnungen vor Naivität hervorrief. Kondō besaß einen starken moralischen Kompass und reagierte mit Entsetzen auf Etiketteverstöße oder unbeabsichtigten Schaden an Verbündeten. Trotz seiner Zugänglichkeit zeigte er Kampfentschlossenheit und führte persönlich kritische Operationen wie den Überfall auf das Ikedaya Inn 1864 an. Seine Führung wurde schwer auf die Probe gestellt, darunter die Ermordung des ehemaligen Verbündeten Itō Kashitarō aufgrund politischer Differenzen. Kondō lockte Itō mit einem Drink in einen Hinterhalt, ein Akt, der einen Racheangriff auslöste, bei dem Kondō tödlich verwundet wurde. Nach seiner Genesung verstärkte sich sein Streben nach gesellschaftlicher Anerkennung, besonders nach seiner Beförderung zum Hatamoto 1867. Dies trieb ihn an, die hochriskante Mission zur Einnahme von Kōfu Castle während des Boshin-Krieges zu akzeptieren. Sein Beharren darauf, „wie ein Mann“ gegen überwältigende Widrigkeiten zu kämpfen, führte zur Enttäuschung wichtiger Mitglieder wie Nagakura Shinpachi und Harada Sanosuke, die die Shinsengumi verließen. Der Tod eines Untergebenen während der Schlacht veranlasste Kondō, seinen taktischen Fehler einzusehen und den Rückzug zu befehlen. In den letzten Tagen der Shinsengumi priorisierte Kondō das Überleben seiner Kameraden. Angesichts der Einkesselung durch die Kaiserlichen 1868 wies er Hijikatas Einwände zurück und nutzte erstmals seine Kommandantengewalt, um als Köder zu dienen und die Flucht zu ermöglichen. Er ergab sich unter dem Alias Okubo Yamato, wurde aber identifiziert und gefangen genommen. Nach Inhaftierung und Prozess wurde er am 17. Mai 1868 durch Enthauptung hingerichtet. Seine letzten Handlungen umfassten die Übergabe von Mitteln an Chizuru für ihre Sicherheit und die Aufforderung, Hijikata zu beschützen, dessen Verwandlung in einen Rasetsu er bedauerte. Prequel-Medien zeigen frühere Kämpfe, darunter finanzielle Not während der Gründung der Shinsengumi und Spannungen mit dem Mitkommandanten Serizawa Kamo. Ein Vorfall, bei dem Kondōs Buchungsfehler im Honjou Inn Serizawa zu Brandstiftung provozierte, zwang Kondō, sich auf den Knien zu entschuldigen. Seine beschützenden Instinkte erstreckten sich auf Okita Sōji, den er von Kindheit an aufzog und persönlich suchte, als Okita während der Rōshigumi-Zeit floh. Kondō war 29 Jahre alt während der Hochphase der Shinsengumi in Kyoto.