Jun'ichi Nagase, ein Schüler im zweiten Jahr der Oberstufe, trägt den berüchtigten Spitznamen aus seiner Mittelschulzeit als Delinquent: "Geno Killer". Dieser Ruf geht auf eine schwierige Kindheit zurück, nachdem seine Eltern und seine Schwester nach der Grundschule die Welt bereisten und ihn aus Gründen, die er nie ganz verstand, allein leben ließen. Sein Verhalten änderte sich, als seine Schwester Minato zurückkehrte, um mit ihm zusammenzuleben.  
Körperlich ist er 184 cm groß, hat kurzes dunkelbraunes Haar, das seitlich gescheitelt ist, und schmale, türkisfarbene Augen. Er hat einen schlanken, blassen Körperbau und bevorzugt Schuluniformen oder lässige Kleidung wie Jeans und Pullover, wobei er stets ein Anhängerhalsband trägt. Zu seinen Besitztümern gehören ein Fahrrad, eine Spielkonsole und ein Handy.  
Seine Persönlichkeit vereint Sarkasmus, Faulheit und Beschützerinstinkt. Er lässt regelmäßig Hausaufgaben ausfallen, um zu spielen, und verlässt sich auf Minato, um nicht zu verschlafen. Trotz einer direkten, straßenerprobten Art zeigt er Güte und Optimismus. Mitschüler und Lehrer necken ihn oft, teilweise wegen einer vermeintlichen romantischen Spannung mit Minato – in deren Gegenwart er nervöse Reaktionen zeigt, während er jegliche Gefühle abstritt. Er führt selbstironische innere Monologe und bricht die vierte Wand.  
Sein Leben nimmt eine Wendung, als er Yuuhi Katagiri vor Belästigern rettet. Ein Missverständnis führt dazu, dass er sie öffentlich in der Schule küsst, was ihre Feindseligkeit entfacht. Bald darauf enthüllen ihre Familien eine arrangierte Ehe, die sie zwingt, mit Minato zusammenzuleben. Trotz anfänglicher Reibungen schützt Jun'ichi Yuuhi wiederholt vor Bedrohungen, und ihre Beziehung entwickelt sich zu gegenseitigen, unausgesprochenen romantischen Gefühlen.  
Seine Geschichte variiert je nach Adaption: Im Anime erkennt er allmählich tiefere Gefühle für Minato und gesteht, dass er ohne sie nicht leben kann. Der Manga endet damit, dass er Yuuhis Zuneigung erwidert und eine romantische Beziehung eingeht. Das originale PC-Visual Novel bestätigt Minato als seine leibliche Schwester, während PS2/PSP-Adaptionen und der Anime andeuten, dass sie adoptiert sein könnte. Die OVA enthält nicht-kanonische Comedy-Elemente wie Mechakampf-Traumsequenzen.  
Neben Romanzen pflegt er eine enge, aber antagonistische Freundschaft mit Fuyuhiko Nishino, dessen Intrigen ihn oft in Schwierigkeiten bringen. Er interagiert regelmäßig mit Klassenkameraden wie dem Nachrichtenclub-Mitglied Tsukasa Kiryu und der Schülerratspräsidentin Mitsuki Shiina, die ihn für Aufgaben ausnutzt.  
Das Thema elterlicher Verlassenheit bleibt präsent; seine abwesenden Eltern unterstützen ihn finanziell und schicken gelegentlich Geschenke wie Geburtstagsgaben. Ihr aktionsorientierter Lebensstil steht in starkem Kontrast zu seinen häuslichen Schwierigkeiten.