Senku Ishigami zeigte bereits in seiner Kindheit außergewöhnliche wissenschaftliche Intelligenz, indem er Experimente durchführte und Geräte wie eine Miniaturrakete baute. Sein Adoptivvater, Byakuya Ishigami, unterstützte seine Bestrebungen, obwohl Senku dieses Vertrauen gelegentlich ausnutzte, beispielsweise indem er Byakuyas Kreditkarte für wissenschaftliche Einkäufe verwendete. Er pflegte Freundschaften mit Taiju Oki und Yuzuriha Ogawa, unterstützte deren Unternehmungen, blieb persönlich jedoch uninteressiert an Romanzen. Vor dem globalen Versteinerungsereignis korrespondierte er mit dem Wissenschaftler Dr. Xeno und strebte international nach Wissen, einschließlich des Studiums von Ebola in Afrika. Während des globalen Ereignisses versteinert, behielt Senku sein Bewusstsein und zählte etwa 3.700 Jahre lang sekundengenau die Zeit. Im April 5738 n. Chr. wiederbelebt, analysierte er die Rolle von Salpetersäure bei seiner Entsteinerung und stellte eine Wiederbelebungsflüssigkeit aus Nital (Salpetersäure und Ethanol) her. Er belebte Taiju und Yuzuriha wieder, doch ihre Bemühungen wurden von Tsukasa Shishio gestört, den sie zur Abwehr eines Löwenangriffs wiederbelebten. Tsukasa, der der Wiederherstellung der modernen Gesellschaft ablehnend gegenüberstand, verriet sie und verletzte Senku tödlich. Senku überlebte dank restlicher Versteinerung, die seinen Nacken schützte, und Taiju und Yuzuriha täuschten seinen Tod vor, um zu fliehen. Später entdeckte Senku das Ishigami-Dorf, gegründet von Nachkommen von Byakuyas Astronautencrew. Er erfuhr von seinem Status als Dorflegende und wurde nach dem Gewinn des Grand Bout zum Häuptling. Er integrierte die Dorfbewohner in sein „Königreich der Wissenschaft“, erkannte Kohaku als Kriegerin an, Chrome als wissenschaftlich denkenden Lehrling und Kaseki als Meisterhandwerker. Er heilte die Priesterin Ruri mit Antibiotika und festigte so das Vertrauen. Seine Führung betonte die Delegation basierend auf individuellen Stärken, wobei er Verbündete wie Gen Asagiri für Diplomatie und Taiju für körperliche Arbeit einsetzte. Der Konflikt mit Tsukasas „Reich der Stärke“ eskalierte zu den Stein-Kriegen. Senku priorisierte nicht-tödliche Strategien und entwickelte Technologien wie den dampfbetriebenen „Dampf-Gorilla“-Panzer, Papierschilde und Schallwaffen. Er orchestrierte psychologische Operationen, indem er eine Aufnahme der Sängerin Lillian Weinberg über ein gebautes Telefon abspielte, um Tsukasas Truppen zu demoralisieren. Es gelang ihm, Schlüsselmitglieder von Tsukasas Fraktion, darunter Ukyo Saionji und Nikki Hanada, auf seine Seite zu ziehen. Nachdem Tsukasa von Hyoga schwer verletzt wurde, kryokonservierte Senku ihn für eine zukünftige Heilung mittels Versteinerungstechnologie. Nach Tsukasas Niederlage fusionierte sein Reich mit dem Königreich der Wissenschaft unter den „Fünf Weisen Kommandanten“. Senkus Persönlichkeit dreht sich um intensive Neugier, logisches Denken und Vertrauen in die Kraft der Wissenschaft. Er gibt Fehler bereitwillig zu, wie etwa die Vernachlässigung der Erdachsenpräzession bei der Navigation am Nordstern. Obwohl er oft manipulativ oder verschwiegen ist – etwa indem er die Verwendung von Calciumcarbonat in Schießpulver zurückhielt – zielen seine Handlungen darauf ab, der Menschheit zu nützen. Er zeigt einen starken moralischen Kompass, weigert sich, Verbündete im Stich zu lassen, und zeigt tiefe, wenn auch selten ausgedrückte Emotionen bezüglich Byakuyas Vermächtnis. Er hält Romanzen für unlogisch, unterstützt jedoch die Beziehungen anderer. Trotz körperlicher Schwäche und durchschnittlicher handwerklicher Fähigkeiten kompensieren seine mentale Resilienz, enzyklopädisches Wissen und taktische Genialität dies. Nach den Stein-Kriegen führte Senku das Königreich der Wissenschaft beim Bau des Schiffs Perseus für globale Erkundungen an. Er entdeckte eine Nachricht („WHY“) vom rätselhaften „Why-Man“ und suchte nach deren Ursprung, wobei er außerirdische Beteiligung vermutete. Auf der Reise zur Schatzinsel (später das Versteinerungskönigreich) konfrontierte er Minister Ibara und die Kriegerin Kirisame, die Versteinerungsgeräte einsetzten. Nachdem der Großteil seiner Crew versteinert wurde, besiegte Senku mit einem kleinen Team, darunter Kohaku und Gen, Ibara, sicherte das Versteinerungsgerät („Medusa“) und befreite die Insel. Er plante, die heilenden Eigenschaften der Versteinerung zu nutzen, um Tsukasa zu retten, und arbeitete später mit Dr. Xeno zusammen, um Why-Man auf dem Mond zu erreichen.