Neji Hyuga wurde als Sohn von Hizashi Hyuga in den Nebenzweig des Hyuga-Clans hineingeboren. Im Alter von vier Jahren erhielt er während einer Zeremonie für den Hauptfamilien-Erben Hinata Hyuga das verfluchte Siegel des Clans auf die Stirn, das ihn zeitlebens der Hauptfamilie unterwarf. Die Erfahrung, wie sein Vater durch das Siegel Schmerzen erlitt und diese Brandmarkung, traumatisierten ihn zutiefst. Die entscheidende Tragödie ereignete sich während der "Hyuga-Affäre", eines politischen Vorfalls, bei dem Kumogakure nach einem gescheiterten Entführungsversuch von Hinata Hiashis Tod forderte. Hizashi opferte sich als Hiashis Doppelgänger. Neji deutete dieses Opfer fälschlicherweise als Beweis für die Unterdrückung durch die Hauptfamilie, was anhaltenden Groll und den Glauben an ein vorherbestimmtes Schicksal schürte. Er kam zu dem Schluss, dass alle Leben unveränderlichen Pfaden folgten, die bei der Geburt festgelegt wurden, und Mitglieder des Nebenzweigs ewig zum Dienen verdammt seien.
Ursprünglich ein freundliches Kind, wurde Neji nach dem Tod seines Vaters kalt und arrogant. Er schloss die Akademie als Jahrgangsbester mit zwölf Jahren ab und trat später Team Guy unter Might Guy bei. Seine fatalistische Weltanschauung kollidierte mit Teamkameraden wie Rock Lee, den er für das Verfolgen unmöglicher Träume verachtete. Während der Chunin-Prüfungen manifestierte sich diese Philosophie grausam in seinem Vorrundenkampf gegen Hinata: Er griff ihre vermeintliche Schwäche verbal an und hätte sie fast getötet, als sie andeutete, dass seine Besessenheit vom Schicksal von unerkanntem Schmerz herrührte. Eingreifende Jōnin stoppten den Angriff, doch Hinata erlitt lebensbedrohliche Verletzungen. Sein anschließender Kampf gegen Naruto Uzumaki im Finale wurde zum Wendepunkt. Naruto, der Nejis Behauptungen angeborener Schwäche widersprach, besiegte ihn physisch und ideologisch, argumentierte, Nejis Fixierung auf das Schicksal sei eine selbstauferlegte Begrenzung, und erklärte: "Ein Versager kann sein Schicksal ebenfalls ändern!".
Nach seiner Niederlage offenbarte Hiashi die Wahrheit über Hizashis freiwilliges Opfer und präsentierte einen Brief, in dem Hizashi Liebe und Hoffnung für Nejis Zukunft ausdrückte. Diese Enthüllung, gepaart mit Hiashis Entschuldigung und Verbeugung, zerbrach Nejis Groll. Er verwarf seinen Fatalismus, symbolisiert durch die Beobachtung frei fliegender Vögel, und beschloss, seinen eigenen Weg zu gehen: "Mein Traum ist es, stärker zu werden. Ich möchte so stark werden, dass ich nie wieder gegen jemanden verliere." Er begann, sich mit der Hauptfamilie zu versöhnen, trainierte mit Hiashi und Hinata und stellte Teamarbeit und die Sicherheit seiner Kameraden über persönlichen Ehrgeiz. Er unterstützte Lees Träume und verteidigte seine exzentrischen Teamkameraden, wobei er ungewöhnliche Fürsorglichkeit zeigte, besonders gegenüber Hinata.
Nejis Kampfstil konzentrierte sich auf das Kekkei Genkai des Hyuga-Clans, das Byakugan, das ihm nahezu 360°-Sicht und die Fähigkeit verlieh, das Chakra-Netzwerk zu sehen. Seine Meisterschaft brachte ihm den Titel "Größtes Genie der Hyuga-Geschichte" ein. Als Genin betrug die Reichweite seines Byakugan 50 Meter, die sich im zweiten Teil auf 800 Meter erweiterte. Er spezialisierte sich auf Gentle Fist Taijutsu, bei dem Chakra injiziert wird, um innere Organe zu schädigen oder den Chakra-Fluss zu unterbrechen. Trotz der Einschränkungen des Nebenzweigs beherrschte er eigenständig fortgeschrittene Techniken wie die Eight Trigrams Palms Revolving Heaven (Kaiten), eine defensive Drehung, die Angriffe abwehrt, und die Eight Trigrams Sixty-Four Palms, die die Tenketsu eines Gegners versiegelt. Im zweiten Teil entwickelte er Mittelstreckentechniken wie die Eight Trigrams Empty Palm und kooperative Jutsu mit Hinata. Sein Kampfstil betonte Präzision und Anpassungsfähigkeit und verließ sich stark auf Nahkampf. Während der Zeitsprungphase wurde er zum Jōnin befördert, das einzige Mitglied der Konoha 11, dem dies gelang, und wurde für seine taktische Analyse und Führung unter Tsunade Senju bekannt.
Schlüsselkonflikte unterstreichen seine Entwicklung. Während der Sasuke-Rettungsmission kämpfte er gegen Kidomaru von den Sound Four. Schwer verwundet und die einzige tote Winkel des Byakugan ausnutzend, drängte Kidomaru ihn in die Enge. Inspiriert von Narutos Ideologie weigerte sich Neji zu kapitulieren und erklärte: "Ich kann nicht verlieren. Einfach nicht!" Er konterte Kidomaru tödlich, indem er Chakra in dessen Netze leitete. Im Vierten Shinobi-Weltkrieg diente er in der Zweiten Division der Alliierten Streitkräfte und nutzte sein Byakugan zur Aufklärung. Während des Angriffs der Ten Tails schützte er Naruto und Hinata vor Holzspießen und erlitt tödliche Wunden. Seine letzten Worte an Naruto betonten verbundene Schicksale: "Du trägst mehr als ein Leben in deinen Händen... auch mein Leben könnte eines davon gewesen sein." Sein Tod vereinte die Alliierten Streitkräfte in einer Vogelformation, die seine Befreiung aus dem "Käfig" des Schicksals symbolisierte.
Nejis Vermächtnis lebte in seinem philosophischen Wandel fort – von der Betrachtung des Lebens als "unentrinnbarer Strömung" hin zum Eintreten für Selbstbestimmung – und seinem physischen Vermächtnis in den reformierten Praktiken des Hyuga-Clans. Sein Opfer stärkte Narutos Entschlossenheit, den Kreislauf des Hasses zu beenden, und formte indirekt die Zukunft der Shinobi-Welt.