Ultra Magnus kam im späten 20. Jahrhundert innerhalb der japanischen Generation-1-Kontinuität auf der Erde an und führte fortschrittliche technologische Entwicklungen ein. Er konzipierte und überwachte den Bau des globalen unterirdischen Autobot-Road-Transportsystems. Als zum Kommandanten des Scramble-City-Projekts ernannt, leitete er die Errichtung einer mobilen Kampffestung. Während dieser Zeit bekämpfte er Decepticon-Truppen und lieferte Optimus Primes modernisierten Anhänger aus, der mit der Scramble-Power-Buster-Kanone ausgestattet war. Ultra Magnus und Optimus Prime führten gemeinsame Angriffe wie den Double Cross Kick durch, um Decepticon-Bedrohungen abzuwehren. In *Scramble City* leitete Ultra Magnus das Projekt von einer versteckten Höhlenbasis aus. Nachdem der Decepticon-Spion Ratbat den Standort entdeckt hatte, befehligte Ultra Magnus neu fertiggestellte Autobot-Kombiner gegen Decepticon-Kombiner. Er befahl den Einsatz von Scramble City selbst, um den Sieg zu sichern, und festigte damit seine Rolle bei der Vorbereitung der Erdverteidigung vor *The Headmasters*. Bis 2011 diente Ultra Magnus als Kommandant von Autobot City auf der Erde. Als die Decepticon-Truppen wieder auftauchten, leitete er die Verteidigungsoperationen der Erde. In ersten Gefechten lieferte er sich Kämpfe mit dem Decepticon-Ninja Sixshot, der die erdbasierten Decepticon-Truppen befehligte, was zu einer anhaltenden Rivalität zwischen ihnen führte. Ultra Magnus’ Geschichte gipfelte in einem entscheidenden Duell gegen Sixshot. Durch Sixshots sechs Transformationsmodi unterlegen, fiel Ultra Magnus dem siebten, geheimen Modus des Decepticons zum Opfer. Mit seinen letzten Worten forderte er die Autobots auf, die Erde zu schützen. Metroplex bat um eine Beerdigung auf der Erde, und Ultra Magnus wurde dort beigesetzt. Bemerkenswerterweise wurde sein Körper nach dem Tod nicht monochrom, anders als bei anderen verstorbenen Transformern – ein Detail, das entweder auf seine gepanzerte Physiologie oder auf eine Animationsinkonsistenz zurückzuführen ist. *The Headmasters* existiert in einer separaten japanischen Kontinuität, die sich von der ursprünglichen amerikanischen Animationsserie unterscheidet, was bedeutet, dass Ultra Magnus’ Tod nur in dieser alternativen Zeitlinie stattfindet. Seine früheren technologischen Beiträge und seine Führung während der Scramble-City-Ära blieben grundlegend für die Autobot-Operationen auf der Erde, bevor er das Kommando über Autobot City übernahm.