Megatron in Transformers: Energon ist der wiederbelebte Decepticon-Anführer, der aus seinem verwesenden Leichnam im Körper von Unicron wiedergeboren wurde. Ursprünglich handelt es sich um denselben Megatron aus der vorherigen Serie Armada, und seine Wiederbelebung wird von dem mysteriösen Alpha Q orchestriert, der versucht, Megatron als Waffe einzusetzen. Megatron reißt jedoch schnell die Kontrolle an sich, übernimmt das Kommando über die Terrorcons und manipuliert später direkt Unicrons beschädigten Körper. Sein ultimatives Ziel bleibt die universelle Eroberung und die Anhäufung von Macht, und er wird jede Macht – einschließlich Unicron – unterwerfen, um dies zu erreichen. Vom Charakter her ist er rücksichtslos, gerissen und größenwahnsinnig, fordert absolute Loyalität von seinen Anhängern und unterdrückt jeden Widerspruch brutal. Er spricht mit einer königlichen, militaristischen Förmlichkeit, die im Gegensatz zu seiner wilden Natur steht, und ist sich seines eigenen Wahnsinns vollkommen bewusst. Sein prägendstes Merkmal ist eine obsessive Fixierung auf Optimus Prime; der letzte Kampf mit seinem Erzfeind ist die einzige Herausforderung, die er wirklich schätzt, und die Nachricht von Primes Tod kann ihn in tiefe Verzweiflung stürzen. Im Verlauf der Serie ist Megatrons Rolle die des primären Antagonisten, der Angriffe auf die Erde und Cybertron orchestriert, während er um die Kontrolle über Unicron ringt. Zu seinen wichtigsten Beziehungen gehören Optimus Prime als sein Erzfeind, die Autobots als seine ständigen Gegner und Unicron sowohl als Werkzeug als auch als parasitären Einfluss. Er kommandiert auch Decepticons wie Starscream, Shockblast und später Sixshot, behandelt sie jedoch als entbehrliche Bauern. Im Laufe der Geschichte durchläuft Megatron eine bedeutende Entwicklung: Nach der Zerstörung von Unicrons Körper lebt Unicrons Bewusstsein weiterhin in ihm und führt ihn zu einem Reservoir an Super-Energon, das ihn in den noch mächtigeren Galvatron verwandelt. In dieser Form wächst er zu kolossaler Größe heran und wird zunehmend instabil, da Unicrons Geist gegen seinen eigenen kämpft. Zu seinen bemerkenswerten Fähigkeiten gehören verstärkte Stärke und Haltbarkeit durch seine Neuformatierung, eine Fusionskanone, ein fernsteuerbares Drei-Wege-Panzermodul, Flugfähigkeit im Gunship-Modus, die Fähigkeit, Unicron zu befehligen und Energie von ihm abzuzweigen, und schließlich die verheerende Kraft des Super-Energon, die es ihm ermöglicht, riesig zu werden und mit Unicrons Überresten zu verschmelzen. Trotz seiner immensen Macht führen seine Besessenheit, Optimus Prime zu besiegen, und sein innerer Kampf mit Unicrons Willen letztendlich zu seinem Untergang.