Wiedererweckt von dem planetenverschlingenden Unicron, um als Hauptagent zu dienen, wurde Megatron, der in dieser neuen Form als Galvatron bekannt war, mit einem bestimmten Zweck geschmiedet. Unicrons Einfluss blieb bestehen, eine unvollständige Wiederherstellung, die eine komplexe und volatile Dynamik zwischen ihnen schuf. Seine Mission war die Beschaffung von Energon, einer kritischen Energiequelle, die im Auftrag von Unicron und Alpha Q unternommen wurde, um verzehrte Welten wiederaufzubauen. Doch sein eigenes Streben nach persönlicher Macht war ein beständiges und treibendes Motiv, das oft Vorrang hatte. Dies führte zu einer strategischen, eigennützigen Partnerschaft mit den Terrorcon-Streitkräften und Alpha Q, eine Beziehung, die von Manipulation und einem klaren Fokus auf das Erreichen von Dominanz geprägt war. Eine entscheidende Transformation ereignete sich, als er die Kontrolle über die massive Superwaffe Sun Storm übernahm und ihre immense Kraft erfolgreich nutzte. Dieser Akt markierte seinen Widerstand, befreite ihn von Unicrons Einfluss, ließ ihn zu seiner ursprünglichen Identität zurückkehren und erklärte seine Unabhängigkeit, um einen Eroberungspfad zu festigen, der auf einem Glauben an absolute Macht basierte. Seine Beziehung zu Starscream war besonders bemerkenswert. Nachdem Starscreams eigene Wiederbelebung ihn unvollständig zurückließ und er als amnesischer Attentäter für Alpha Q diente, löschte Megatron später sein Gedächtnis vollständig. Diese Handlung verwandelte Starscream in einen völlig loyalen und unterwürfigen Leutnant, der alle vorherige Autonomie auslöschte. Seine Führung beinhaltete das ständige Streben nach verstärkter Macht durch fortschrittliche Technologie und die Ausbeutung von Untergebenen. Er setzte Combiner-Teams und mächtige Krieger wie Shockblast auf Missionen ein, um Autobot-Streitkräfte zu besiegen und strategische Vorteile zu sichern, führte umfangreiche Militärkampagnen für die Kontrolle von Energon-Ressourcen und direkte Angriffe auf Cybertron und die Erde durch. Ein zentraler Aspekt seiner Erzählung war die tiefgreifende Rivalität mit Optimus Prime. Ihr Konflikt umfasste zahlreiche direkte Konfrontationen, einschließlich einer, in der er Optimus Prime in die Knie zwang, nur um besiegt zu werden, als sein Gegner sich mit Wing Saber kombinierte, um eine neue Ebene der Kraft zu erreichen. Nach einer vorherigen Niederlage und einer Abwesenheitsphase beinhaltete seine Rückkehr an die Macht die Beendigung eines internen Decepticon-Konflikts und die brutale Wiederherstellung seiner Autorität über die Fraktion. Seine Erzählung endete mit einer finalen, entscheidenden Konfrontation, die zu seiner Niederlage führte und das Ergebnis des langjährigen Krieges besiegelte.