Der vierzehnjährige Nils Holgersson lebt mit seinen Eltern auf einem Bauernhof in der südschwedischen Region Schonen. Er zeigt sich faul, ungehorsam und grausam, quält Tiere zum Vergnügen. Seine Vernachlässigung von Pflichten und Misshandlung der Hoftiere verdeutlichen seinen anfänglichen Egoismus. Ein entscheidendes Ereignis tritt ein, als Nils einen Tomte fängt, ein magisches gnomenhaftes Wesen. Als er das Angebot des Tomte, eine Goldmünze für seine Freiheit zu erhalten, ablehnt, wird Nils zur Strafe auf Zwergengröße geschrumpft. Diese Verwandlung verleiht ihm die Fähigkeit, die Sprache der Tiere zu verstehen, macht ihn aber zugleich verwundbar gegenüber der Rache der misshandelten Hoftiere. Um zu entkommen, flieht er auf dem Rücken von Morten, einem Hofgans, die sich wilden Zugvögeln anschließt. Begleitet von seinem Haustierhamster Carrot – einer Besonderheit des Animes – reist Nils mit der Wildgansschar unter der Führung von Akka von Kebnekaise durch Schweden. Diese Reise zwingt ihn, von Tieren abhängig zu sein, die er einst quälte. Frühe Begegnungen zeigen seinen verbliebenen Egoismus, etwa wenn er in Gruppensituationen seine eigenen Bedürfnisse voranstellt. Doch wiederholte Bedrohungen durch den hartnäckigen Fuchs Smirre, der die Gänse über Jahreszeiten hinweg verfolgt, zwingen Nils, andere zu beschützen. Er entwickelt Strategien, um Smirres Angriffe zu vereiteln, was seinen aufkeimenden Mut und Einfallsreichtum zeigt. Nils' Entwicklung entfaltet sich in episodischen Prüfungen. Er schlichtet Tierkonflikte, hilft Menschen in Not – führt verlorene Kinder oder unterstützt arme Familien – und greift in Naturkrisen wie Überschwemmungen oder Waldbrände ein. Diese Erfahrungen fördern Empathie, Verantwortung und Selbstlosigkeit. Seine Bindung zu Morten vertieft sich, wandelt sich von gegenseitiger Abhängigkeit zu echter Loyalität, besonders als Morten Herausforderungen bei der Integration mit Wildgänsen und der Aufzucht von Gösseln bewältigen muss. Die Fluchtklausel des Fluchs – die Rückverwandlung in menschliche Gestalt, sobald er moralische Besserung beweist – treibt Nils' inneren Kampf an. Sein Wendepunkt kommt, als er selbstlos anbietet, für immer klein zu bleiben, um Morten vor einem Opfer zu bewahren. Diese mutige Tat erfüllt die Bedingung des Tomte, und bei der Rückkehr nach Hause wird seine ursprüngliche Größe wiederhergestellt. Die Reise gipfelt in einer verwandelten Persönlichkeit: respektvoll gegenüber der Natur, mitfühlend mit Tieren und verantwortungsbewusst gegenüber der Gemeinschaft.